被告已死亡的情况下，法院通常会终止诉讼程序，但具体处理方式需根据诉讼阶段和被告遗产情况分情况讨论。以下是详细分析：

1. 诉讼程序终止（核心结论）
   根据《民事诉讼法》第154条，若被告在诉讼过程中死亡且无遗产、无义务承担人，法院将裁定终结诉讼。例如：被告因交通事故被起诉，但诉讼中因其他疾病死亡，且无遗产可供执行，法院会直接终止案件审理。

2. 遗产继承与责任承担（关键延伸）
   若被告留有遗产，诉讼可能转为以下两种路径：

   • 变更诉讼主体：根据《民法典》第1161条，继承人需在继承遗产范围内承担责任。此时原告可申请变更被告为继承人，法院继续审理（如被告生前欠债，继承人继承房产后需在房产价值范围内偿债）。
     
   • 追加必要共同诉讼人：若涉及多人继承遗产，法院可能依职权或依申请追加所有继承人为共同被告，确保责任分配公平。

3. 特殊情形处理（实务要点）

   • 离婚诉讼：若被告死亡，婚姻关系自动解除，法院直接终结诉讼（无需判决离婚）。
     
   • 刑事附带民事诉讼：被告死亡导致刑事部分终止，但民事赔偿部分若涉及遗产，仍可单独审理（如交通肇事案中被告死亡，其遗产需赔偿被害人损失）。
     
   • 被告身份存疑：若被告死亡后发现身份错误（如冒名顶替），法院需裁定驳回起诉，原告可重新起诉真实责任人。

实务建议：原告需在发现被告死亡后立即向法院提交死亡证明，并申请调查被告遗产状况。若继承人拒绝配合，可申请法院强制调查银行账户、房产登记等信息。如有其他法律疑问，欢迎直接向我咨询。