结论前置：二楼改独立下水是否合法，主要取决于改造行为是否符合相关法律法规、是否侵犯其他业主权益以及是否经过合法程序审批。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法改造的条件
符合规定和程序：
- 二楼住户在改造前，应按照小区物业管理要求向物业申报，并获得施工许可。这是改造行为合法性的基础，未经许可擅自改造可能面临物业的制止和恢复原状的命令。
- 改造方案应经过合理设计，确保不会对建筑物结构安全和其他住户排水造成不良影响。如改造涉及建筑主体或承重结构变动，需委托原设计单位或具有相应资质的设计单位提出设计方案，并按方案施工，以确保改造的安全性和合规性。
合同或协议约定：
- 如果购房合同或与开发商、物业签订的相关协议中，明确允许在一定条件下对排水系统进行改造，且二楼住户的改造行为符合这些约定，那么改造行为就是合法的。这种情况下，改造行为有明确的合同依据，减少了法律纠纷的风险。
不侵犯他人权益：
- 改造后不得影响其他楼层住户的正常排水，如下水道堵塞、排水不畅、返水等问题。如果改造导致其他楼层出现排水问题，损害了其他业主的合法权益，那么二楼住户将承担法律责任，包括停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。
二、不合法改造的情形
未经允许私自改造：
- 根据《物业管理条例》，业主装饰装修房屋需事先告知物业服务企业，并遵守相关规定。未经许可擅自改造下水管道，违反了物业管理规定，物业有权要求其停止施工、恢复原状，甚至可能面临行政处罚。
影响建筑结构安全：
- 下水管道改造若破坏建筑物主体或承重结构，影响建筑安全性，根据《建设工程质量管理条例》，此类改造行为违法。这不仅可能危及整栋建筑的安全，还可能对改造者自身和其他住户造成生命财产损失，需承担相应的法律责任。
损害其他业主权益：
- 改造导致其他楼层排水问题，损害了其他业主的合法权益。依据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，二楼住户需停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。这可能导致法律纠纷和赔偿责任的承担。
三、综合建议
- 沟通协商：在进行改造前，二楼住户应与邻居和物业充分沟通协商，确保改造方案得到各方认可。这有助于减少改造过程中的阻力和纠纷，确保改造行为的顺利进行。
- 咨询专业意见：在改造前，建议咨询当地相关部门或我（何丽芬律师），了解具体法律规定和要求，确保改造行为合法合规。我可以根据您的具体情况，提供专业的法律意见和指导。
- 遵循程序：严格按照法律法规和物业规定的程序进行申报和审批，避免不必要的法律风险和纠纷。这包括提交改造方案、获得施工许可、进行安全评估等步骤，确保改造行为的合法性和安全性。
综上所述，二楼改独立下水需综合考虑多方面因素，包括法律法规、建筑规范、邻里关系等。合法的改造需满足一系列条件，并经过合法程序审批。如有相关需求或疑问，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。