结论：在三方协议中，若用人单位的上级主管部门没有盖章，该协议的效力及后续处理需分情况讨论。一般来说，若协议本身未明确要求上级主管部门盖章，则可能不影响协议的生效；但若协议或相关法规有明确要求，则可能影响协议效力。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议生效条件分析
三方协议的基本生效条件：
- 三方协议通常涉及毕业生、用人单位和学校三方，其生效一般需要满足毕业生签字、用人单位盖章以及学校盖章等条件。这是协议具备法律效力的基本前提。
上级主管部门盖章的必要性：
- 并非所有三方协议都要求用人单位的上级主管部门盖章。这主要取决于协议的具体内容以及相关法律法规或行业规定。如果协议或相关法规未明确要求上级主管部门盖章，则其未盖章可能不影响协议的生效。
- 如果协议或相关法规明确要求上级主管部门盖章，且该要求为协议生效的必要条件之一，则上级主管部门未盖章可能导致协议无效或部分无效。
二、未盖章的法律后果及处理方式
协议未生效的情况：
- 若因上级主管部门未盖章导致协议未生效，毕业生、用人单位和学校均不受协议约束。此时，各方可以协商重新签署协议或采取其他补救措施。
协议部分无效的情况：
- 如果协议中部分条款因上级主管部门未盖章而无效，但其他条款仍然有效，则各方应继续履行有效条款，并就无效条款进行协商修改或补充。
处理方式建议：
- 沟通协商：首先，建议毕业生、用人单位和学校三方进行充分沟通，明确上级主管部门未盖章的原因及影响，并共同协商解决方案。
- 补充盖章：如果可能，可以尝试联系用人单位的上级主管部门，请求其补充盖章，以使协议完全生效。
- 重新签署协议：如果无法补充盖章或协议因其他原因无法生效，各方可以协商重新签署一份新的三方协议。
三、特殊情况下的考虑
协议中有特殊约定：
- 如果协议中包含了关于上级主管部门盖章的特殊约定，如“未经上级主管部门盖章，本协议无效”等，则应严格按照约定处理。
相关法律法规或行业规定：
- 除了协议本身的规定外，还应考虑相关法律法规或行业规定对三方协议生效条件的要求。如果法规或行业规定明确要求上级主管部门盖章，则必须遵守。
四、后续手续与注意事项
与学校就业手续的衔接：
- 无论协议是否生效，毕业生都应确保与学校就业手续的顺利办理，避免因协议问题影响最终的就业安排。
保留证据的重要性：
- 在整个过程中，毕业生应保留好所有相关的沟通记录、书面同意等证据，以防出现不必要的纠纷。
法律咨询：
- 如果遇到争议或纠纷，且无法通过沟通协商解决，毕业生可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，三方协议中用人单位的上级主管部门没有盖章是否影响协议效力，需根据协议内容、相关法律法规或行业规定以及各方协商情况来确定。毕业生在处理此类问题时，应保持谨慎和理性，确保自身权益不受损害。