结论：关于一套房子按每平方米5039元交了又按12元每平方米交是否合法的问题，这主要取决于具体的收费项目和当地的法律法规或政策规定。以下从不同角度进行分析：

1. 收费项目合法性：

   • 首先，需要明确的是，房屋交易或持有过程中可能涉及多种费用，如契税、个人所得税、物业费、维修基金等。每种费用的收费标准都有明确的法律法规或政策依据。
   • 如果5039元/平方米和12元/平方米分别是两种不同合法费用的收费标准，且这两种费用都是按照当地法律法规或政策规定收取的，那么这种收费就是合法的。
   • 然而，如果其中一项或两项费用没有明确的法律法规或政策依据，或者收费标准超出了法定范围，那么这种收费就可能是不合法的。

2. 重复收费问题：

   • 另一个需要考虑的是是否存在重复收费的情况。如果5039元/平方米和12元/平方米实际上是针对同一事项或同一服务的收费，且没有合理的解释或依据支持这种双重收费，那么这种收费就可能是不合法的。
   • 例如，如果5039元/平方米是房屋买卖的契税，而12元/平方米又是某种不合理的“附加费”或“服务费”，且没有明确的法律法规或政策依据，那么这种收费就可能构成重复收费或乱收费。

3. 地区差异与政策变动：

   • 还需要注意的是，不同地区的房屋交易或持有费用可能存在差异。因此，在判断这种收费是否合法时，还需要考虑当地的法律法规或政策规定。
   • 此外，政策也可能随时间发生变动。如果这种收费是在政策变动后出现的，且没有按照新的政策规定进行调整或取消，那么这种收费也可能存在问题。

建议：

• 如果您对这种收费存在疑问或不满，建议您首先查阅当地的法律法规或政策规定，了解相关费用的收费标准和依据。
• 如果发现存在不合法的收费或重复收费的情况，您可以向相关部门（如房地产管理部门、税务部门等）进行投诉或举报。
• 同时，您也可以咨询专业的律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和帮助。

可能法律后果：

• 如果经查实存在不合法的收费或重复收费的情况，相关部门可能会责令退还多收的费用，并对相关责任人进行处罚。
• 对于购房者来说，如果因为不合法的收费而遭受了经济损失，还可以通过法律途径追究相关责任人的赔偿责任。

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