虚开增值税专用发票罪中税收损失的认定，需结合发票类型、虚开行为性质及实际税款损失情况综合判断，具体认定规则如下：

1. 直接损失认定：已抵扣税款与无法追回的税款
   根据《刑法》第205条及司法解释，税收损失的核心是“国家税款被骗取数额”，即受票方已实际抵扣的进项税额。若虚开发票被受票方用于抵扣税款，且税务机关无法通过追缴、补税等方式挽回的，该部分金额直接认定为税收损失。例如：A公司虚开100万元发票给B公司，B公司全额抵扣后逃匿，税务机关无法追回税款，则税收损失为13万元（100万×13%增值税率）。

2. 间接损失认定：未抵扣但可能造成的税款流失风险
   若虚开发票虽未被受票方抵扣，但存在以下情形之一，可能被认定为潜在税收损失：

   • 发票已进入税务系统流转，可能被其他企业用于非法抵扣；
     
   • 虚开行为导致税务机关对合法企业误征、多征税款；
     
   • 虚开行为破坏税收征管秩序，间接增加税务机关执法成本（需结合具体案情判断）。
     注：此类损失需由检察机关举证，实践中认定标准较为严格。

3. 特殊情形：虚开用于出口退税的损失认定
   若虚开发票用于骗取出口退税，税收损失以“实际骗取的退税款”为准。例如：C公司虚开发票申报出口退税100万元，税务机关已实际退付50万元，则税收损失为50万元；若退税款未支付，则损失以“应退未退”部分中可能无法追回的金额计算。

4. 排除情形：非税款损失不纳入认定范围
   税收损失仅指国家税款本金，不包括：

   • 滞纳金、罚款等行政处罚金额；
     
   • 企业因虚开行为承担的民事赔偿责任；
     
   • 税务机关为追缴税款产生的调查、诉讼等费用。
     依据：最高人民法院《关于虚开增值税专用发票定罪量刑标准有关问题的通知》

实务建议：若涉及虚开案件，需重点核查发票流向、抵扣情况及税务机关追缴记录，以准确界定税收损失金额。如有具体案情，可进一步向我咨询细节。