农村集体产权制度改革中仅确定成员资格，程序是否合法需分情况讨论：

1. 若改革程序符合法定要求：

   • 农村集体产权制度改革是一个复杂的过程，它涉及成员资格的确认、资产量化、股权设置等多个环节。仅确定成员资格，并不意味着整个改革程序不合法。关键在于，这一环节是否按照相关法律法规和政策要求进行，比如是否经过了村民会议或村民代表会议的民主讨论和表决，是否进行了公示等。如果这些程序都得到了妥善执行，那么仅确定成员资格这一环节就是合法的，它是整个改革过程的一部分。

2. 若改革程序存在瑕疵或遗漏：

   • 如果农村集体产权制度改革中仅确定了成员资格，而忽略了其他必要的环节，如资产量化、股权设置等，或者确定成员资格的程序本身存在瑕疵，比如未经民主讨论、未进行公示等，那么这样的程序就可能被视为不合法。因为农村集体产权制度改革需要遵循公平、公正、公开的原则，确保每个成员的合法权益得到保障。如果程序存在瑕疵或遗漏，就可能损害部分成员的利益，从而引发纠纷和争议。

法律背景与建议：

• 法律背景：农村集体产权制度改革是深化农村改革的重要任务，它旨在通过明晰产权归属、完善产权权能，激活农村各类生产要素潜能，建立符合市场经济要求的农村集体经济运营新机制。因此，改革过程必须严格遵守相关法律法规和政策要求，确保程序的合法性和合规性。

• 法律建议：

  • 对于正在进行或计划进行农村集体产权制度改革的村庄，建议严格按照相关法律法规和政策要求进行，确保每个环节都得到妥善执行。
  • 如果对改革程序存在疑问或担忧，建议及时咨询当地农业农村部门或专业律师，以获取更具体的指导和建议。
  • 对于已经完成的改革，如果发现程序存在瑕疵或遗漏，建议及时采取补救措施，如通过村民会议或村民代表会议进行补充讨论和表决、进行公示等，以保障每个成员的合法权益。

可能后果：

• 如果农村集体产权制度改革程序不合法，可能会导致改革成果无效或部分无效，从而引发纠纷和争议。这不仅会损害部分成员的利益，还会影响农村社会的稳定和和谐。因此，必须高度重视改革程序的合法性和合规性。

总之，农村集体产权制度改革中仅确定成员资格，程序是否合法需根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或相关部门以获取更具体的指导和建议。