结论：工程承包合同协议书无效，并不直接等同于甲方构成诈骗。合同无效与诈骗是两个不同的法律概念，需要分别进行认定。
一、合同无效的法律认定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括：
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：如果甲方是无民事行为能力人，其签订的工程承包合同协议书自然无效。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效：如果甲乙双方在签订合同时，均明知合同内容不真实或存在欺诈意图，那么该合同可能因虚假意思表示而被认定为无效。但这种情况更多涉及双方合谋，而非单方面诈骗。
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效：如果工程承包合同协议书的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如未经批准擅自进行工程建设等，那么该合同将被认定为无效。
违背公序良俗的民事法律行为无效：如果合同内容违背了社会公德或公共秩序，如涉及非法交易等，那么该合同也将被认定为无效。
行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效：如果甲乙双方恶意串通，损害第三方利益，那么该合同同样无效。
二、诈骗的法律认定
诈骗是指以非法占有为目的，使用欺骗方法，骗取数额较大的公私财物的行为。在工程承包合同中，如果甲方存在以下行为，可能构成诈骗：
虚构事实或隐瞒真相：甲方故意虚构工程项目的存在、规模、资质等关键信息，或者隐瞒自身不具备签订合同的能力或条件等真相，以诱使乙方签订合同。
以非法占有为目的：甲方签订合同的目的并非为了履行合同义务，而是为了骗取乙方的财物，如预付款、保证金等。
骗取数额较大：甲方通过诈骗行为获得的财物数额达到刑事立案标准。
三、合同无效与诈骗的关系
合同无效不必然导致诈骗：合同无效可能由于多种原因造成，如上述提到的违反法律、行政法规的强制性规定等。这些原因并不直接涉及诈骗行为。
诈骗可能导致合同无效：如果甲方在签订合同时存在诈骗行为，且该行为被法院认定，那么该合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定（如欺诈）而被认定为无效。但此时，合同无效是诈骗行为的法律后果之一，而非诈骗行为的定义本身。
四、建议
收集证据：如果乙方怀疑甲方存在诈骗行为，应尽快收集相关证据，如合同文本、沟通记录、付款凭证等。
咨询律师：乙方应咨询专业律师，对收集到的证据进行评估和分析，以确定甲方是否构成诈骗以及合同是否无效。
采取法律措施：如果律师认为甲方构成诈骗且合同无效，乙方可以依法向公安机关报案或向法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
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