结论：公安机关办理控告其同一单位民警的控告人案件，在符合法定程序和回避规定的情况下，是合法的。但若存在法定回避情形而未回避，则可能构成违法。

分析说明：

1. 法定程序合法性：

   • 公安机关作为执法机关，有权依法对各类违法犯罪行为进行调查处理，这当然包括对其内部民警的违法犯罪行为的控告。
   • 当控告人向公安机关控告其同一单位的民警时，公安机关应当按照法定程序进行受理、调查和处理。这包括接收控告材料、进行初步审查、决定是否立案、开展调查取证、作出处理决定等环节。
   • 在此过程中，只要公安机关严格遵守法定程序，确保控告人的合法权益得到保障，如告知控告人权利义务、听取控告人陈述和申辩、保护控告人隐私等，那么其办理案件的行为就是合法的。

2. 回避规定的重要性：

   • 然而，由于控告对象是公安机关的同一单位民警，这可能引发回避问题。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律规定，执法人员在办理案件时，如果与案件有利害关系或者其他可能影响公正处理的关系，应当回避。
   • 在本题情境下，如果办理案件的公安机关民警与被控告的民警存在直接利害关系，如亲属关系、朋友关系、同事间的特殊关系等，或者存在其他可能影响公正处理的关系，如曾经共同工作、存在经济往来等，那么该民警就应当回避，不得参与案件的办理。
   • 如果公安机关在办理此类案件时，未依法安排回避，那么其办理案件的行为就可能构成违法，因为这可能损害控告人的合法权益，影响案件的公正处理。

法律建议：

• 对于控告人而言，如果向公安机关控告其同一单位的民警，应当要求公安机关依法安排回避，确保案件得到公正处理。
• 如果公安机关未依法安排回避，控告人可以向其上级机关或者监察机关进行投诉和举报，要求纠正违法行为，并保障自己的合法权益。
• 同时，控告人也应当积极配合公安机关的调查工作，提供真实、准确的证据和线索，以便公安机关能够依法、公正地处理案件。

后续行动指导：

• 如果您作为控告人遇到了此类情况，且对公安机关的处理方式有疑问或不满，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
• 在咨询时，请尽可能提供详细的案件情况和相关证据材料，以便我能够更准确地分析问题并给出建议。