集体用地上建设的厂房是否属于违建，不能一概而论，主要取决于是否依法办理了相关审批手续、是否符合土地利用总体规划以及是否按照批准的土地用途使用。以下从合法与违法两种情形进行详细分析：
合法建设情形
审批手续完备：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，在集体土地上建设厂房，必须事先办理集体土地转用审批手续，并取得建设用地规划许可证及建设工程规划许可证。只有当这些审批文件齐全且有效时，厂房建设才被视为合法。
- 举例：某农村地区为了发展特色产业，经过政府批准，利用集体土地建设农产品加工厂房，并办理了各项审批手续，这样的厂房就是合法的。
符合土地利用总体规划：
- 厂房建设还需与当地的土地利用总体规划相一致。若集体土地被规划为工业用地或允许建设厂房的用地类型，并且实际建设活动未超出规划范围，则厂房建设合法。
- 举例：在符合当地土地利用总体规划的工业园区内，企业依法取得集体土地使用权并建设厂房，这样的建设行为是合法的。
土地使用性质合规：
- 建设者应严格按照土地出让合同或审批文件中规定的土地使用性质进行建设。若擅自改变土地使用性质，即使其他手续齐全，也可能导致厂房被认定为违建。但若保持土地使用性质合规，则厂房建设合法。
- 举例：企业依法取得集体土地使用权用于建设厂房，并严格按照审批文件中的规定进行建设，未擅自改变土地使用性质，这样的厂房是合法的。
历史遗留问题且已补办手续：
- 在过去的一些时期，由于法律法规不完善或管理不到位等原因，部分集体土地上建设的厂房可能没有办理完善的手续。但随着政策的调整和完善，这些厂房通过补办相关手续，使其建设行为合法化。
- 举例：某些早期在农村集体土地上建设的小型加工厂，后来在当地政府的统一组织下，补办了用地和规划等手续，从而成为合法建筑。
违法建设情形
未经审批擅自建设：
- 未依法办理集体土地转用审批手续或未取得必要的建设用地规划许可证及建设工程规划许可证，即擅自占用集体土地建设厂房，属于典型的违法建设行为。
- 举例：某企业或个人私自与农村集体经济组织签订协议，占用集体土地建设厂房用于生产经营，但没有向相关部门申请办理建设用地使用权证和建设工程规划许可证等，这种厂房就属于违法建筑。
不符合土地利用总体规划：
- 若厂房建设违反了当地的土地利用总体规划，如将农用地（如耕地、林地）非法转为建设用地，或在禁止建设区进行建设，均将被视为违法建设。
- 举例：某企业在未取得农用地转用审批手续的情况下，擅自将耕地转为建设用地并建设厂房，这样的建设行为是违法的。
擅自改变土地使用性质：
- 即使取得了集体土地的使用权，但若在建设过程中擅自改变了原定的土地使用性质，如将公共设施用地改为商业性厂房用地，也将构成违法建设。
- 举例：某企业依法取得集体土地使用权用于建设公共设施，但在建设过程中擅自改变土地使用性质，将公共设施用地改为商业性厂房用地，这样的建设行为是违法的。
违建的法律后果
对于违法建设的厂房，县级以上人民政府土地行政主管部门将依法采取一系列措施，包括但不限于：
- 责令退还非法占用的土地；
- 要求恢复原状或没收建筑物：根据具体情况，可能要求拆除违法建筑并恢复土地原状，或者没收违法建筑并处以罚款；
- 行政处分与刑事责任：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可能给予行政处分；若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
建议
为避免在集体用地上建设厂房时被认定为违建，建议企业和个人遵循以下步骤：
- 充分了解法律法规：在建设前深入了解并遵守《土地管理法》等相关法律法规的规定。
- 依法办理审批手续：按照法定程序向相关部门提出申请，确保取得所有必要的审批文件。
- 严格遵守规划要求：确保厂房建设与当地的土地利用总体规划相一致，不超出规划范围。
- 保持土地使用性质合规：严格按照土地出让合同或审批文件中规定的土地使用性质进行建设，不擅自改变用途。
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