被告还清款项后，案件可通过以下两种主要方式结案，具体取决于案件所处阶段及程序要求：

1. 若案件尚未进入强制执行阶段

   • 主动申请撤诉：若原告已起诉但法院尚未作出判决，被告还清款项后，原告可向法院提交《撤诉申请书》，法院审查后若符合条件会裁定准予撤诉，案件以“原告撤诉”方式终结。
     
   • 法院调解结案：若双方在诉讼中达成和解（如被告当场履行还款义务），可请求法院出具《民事调解书》，明确被告已履行完毕，案件以调解方式结案，调解书具有强制执行力。
     
   • 判决后履行完毕：若法院已判决被告还款，被告在判决生效后主动履行完毕，原告需向法院提交《结案说明》或类似文件，法院核实后会以“执行完毕”方式结案，并出具相关证明。

2. 若案件已进入强制执行阶段

   • 申请执行终结：被告还清款项后，需立即联系执行法院，提供还款凭证（如银行转账记录、收条等），申请终结执行程序。法院核实后会出具《执行裁定书》，载明“本案执行完毕”并结案。
     
   • 解除强制措施：若被告因案件被采取查封、冻结、限制高消费等措施，需在结案后向法院申请解除，法院会依法撤销相关措施。
     
   • 注意时效性：被告应在还款后尽快申请结案，避免因拖延导致额外利息、执行费等费用产生，或影响个人信用记录。

关键提醒：

• 无论哪种方式，被告均需保留还款凭证（如转账记录、收条、和解协议等），作为已履行义务的证据。
  
• 若原告拒绝配合结案（如拒不提交撤诉申请或结案说明），被告可向法院提供还款证据，由法院依职权审查并结案。
  
• 结案后，被告可要求法院出具《结案证明》或类似文件，以备后续需要（如贷款、信用修复等）。
  

如有具体案件细节（如是否已判决、是否进入执行程序等），可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。