星期天不加班扣全勤是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了全勤的定义及计算方式，且未将星期天加班作为全勤的必要条件：

   • 在这种情况下，公司仅因员工星期天不加班就扣除全勤，可能缺乏合法依据。全勤通常指的是员工在规定的工作时间内无迟到、早退、旷工等行为，并未明确要求员工必须在所有休息日（如星期天）都加班。因此，如果公司规章制度或劳动合同中没有明确将星期天加班纳入全勤的考核范围，那么公司以此为由扣除全勤可能构成违法。

2. 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了全勤的计算需包含星期天加班，或者将星期天加班作为全勤的必要条件：

   • 在这种情况下，公司扣除全勤可能有其内部规定作为依据。但即便如此，公司也需要确保这些规定不违反法律法规的强制性规定，如不违反《劳动法》中关于工作时间和休息休假的规定。如果公司要求员工星期天加班且未支付加班费，或者加班时间超过了法定限制，那么这种规定本身可能就是违法的，以此为由扣除全勤也自然不合法。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《劳动法》的相关规定，劳动者有权享受休息休假，用人单位不得强迫或者变相强迫劳动者加班。同时，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，包括加班费。如果公司规章制度或劳动合同中的规定与法律法规相抵触，那么这些规定是无效的。

• 建议：

  • 对于员工而言，如果公司以此为由扣除全勤，首先应查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解全勤的具体定义和计算方式。如果认为公司的做法不合法，可以与公司进行协商，要求公司恢复全勤并支付相应的加班费（如果适用）。
  • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司违法扣除全勤，除了需要恢复员工的全勤记录外，还可能需要支付相应的经济补偿或赔偿金。具体数额会根据实际情况和法律法规的规定来确定。

总之，星期天不加班扣全勤是否合法，取决于劳动合同和公司规章制度的具体规定以及这些规定是否违反了法律法规的强制性规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。