结论：原入股股东合作协议约定三年重新签约但未签新合同的情况下，原协议继续有效，但需根据具体情况判断后续权利义务关系，可能存在按原协议履行、视为不定期协议或协商补充协议等情形。以下为详细分析：

1. 原协议继续有效但需审查具体条款
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。若原协议未明确约定“未续签则协议自动终止”，则原协议在三年期满后仍可能继续有效，但需审查协议中关于期限、续签条件、终止条款等具体约定。例如：

   • 若协议约定“期限届满前30日未提出终止则自动续期”，则未续签可能视为自动续期；
     
   • 若协议未约定自动续期条款，则需结合双方实际履行行为判断是否形成事实合作关系。

2. 可能构成不定期协议
   若原协议未约定终止条件且双方继续按原条款履行（如继续分红、参与管理），根据《民法典》第948条，可视为不定期合伙合同或股权合作协议。此时任何一方可随时提出终止合作，但需在合理期限前通知对方（通常为3-6个月）。
   风险提示：若一方擅自终止合作，可能需承担违约责任（如赔偿对方预期利益损失）。

3. 建议优先协商补充协议
   为避免法律风险，双方应尽快协商签订补充协议，明确：

   • 新合作期限（如固定期限或不定期）；
     
   • 股权比例、分红方式、决策机制等核心条款是否调整；
     
   • 终止合作的条件及程序（如回购条款、优先购买权等）。
     操作要点：补充协议需经全体股东签字确认，并办理工商变更登记（如涉及股权变更）。

4. 特殊情形：协议存在无效或可撤销事由
   若原协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，未续签期间一方可主张撤销协议或确认无效，但需在知道撤销事由之日起1年内行使权利（《民法典》第152条）。

行动建议：

1. 立即审查原协议全文，重点标注期限、终止、违约责任条款；
   
2. 整理双方三年来的履行证据（如分红记录、会议纪要、资金往来凭证）；
   
3. 根据实际需求选择协商续签、终止合作或通过诉讼/仲裁解决争议；
   
4. 若涉及股权变更，需同步办理工商登记手续以对抗第三人。
   

如需进一步分析具体条款或起草补充协议，可直接向我提供原协议关键内容及双方争议焦点。