结论：不可以仅以有纠纷为由不给注销塔吊的产权备案。以下从多个角度进行分析：
一、产权备案注销的法定条件
产权备案的注销通常需要满足一定的法定条件，这些条件一般与设备的状态、产权的变更或终止等有关，而并非单纯基于是否存在纠纷。如果塔吊已经完成了其使用周期，或者产权已经发生了合法转移，那么按照相关规定，就应当办理产权备案的注销手续。纠纷本身并不是阻止产权备案注销的法定理由。
二、纠纷的解决途径
如果塔吊的挂靠确实引发了纠纷，比如租赁费用支付问题、设备损坏赔偿问题等，这应当通过合法的纠纷解决途径来处理，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在纠纷解决的过程中，可以依法申请财产保全等措施来保障自己的权益，但这并不意味着可以阻止产权备案的注销。以纠纷为由拒绝注销产权备案，可能会构成对他人合法权益的侵害，也可能面临行政处罚等法律风险。
三、实际操作中的建议
核实纠纷情况：首先，需要核实纠纷的具体情况，包括纠纷的性质、涉及的金额、双方的主张等。这有助于判断纠纷是否确实存在，以及其对产权备案注销的影响。
积极解决纠纷：如果纠纷确实存在，应当积极与对方进行协商，寻求和解或调解的可能性。如果协商无果，可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来解决纠纷。
依法办理注销手续：在纠纷得到妥善解决或确认不影响产权备案注销的情况下，应当依法办理注销手续。这有助于维护市场的正常秩序，也有助于避免不必要的法律风险。
四、可能的法律后果
如果未经合法理由拒绝注销产权备案，可能会面临以下法律后果：
行政处罚：相关行政部门可能会对拒绝注销产权备案的行为进行处罚，如罚款、责令改正等。
民事责任：如果拒绝注销产权备案的行为给对方造成了损失，可能需要承担相应的民事赔偿责任。
信誉损失：拒绝注销产权备案的行为还可能对公司的信誉造成负面影响，影响公司的业务发展和市场竞争力。
建议：在处理此类问题时，务必遵循法律法规的规定，积极解决纠纷，并依法办理相关手续。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。