结论：公益性岗位员工因不能胜任工作被辞退时，是否需要支付补偿金，需根据具体情况判断，若用人单位未履行法定程序或存在违法情形，则需支付经济补偿金；若完全符合法定程序，则可能无需支付。以下从不同角度详细分析：

一、公益性岗位的特殊性及法律适用

公益性岗位通常由政府出资或政策扶持，用于安置就业困难人员（如“4050”人员、残疾人等），其劳动关系受《劳动合同法》及地方性法规共同调整。根据《劳动合同法实施条例》第十二条，公益性岗位的劳动合同不适用《劳动合同法》有关无固定期限劳动合同及经济补偿的规定，但这一条款仅排除“无固定期限合同”和“经济补偿”的普遍适用性，并未完全免除用人单位在违法解除时的赔偿责任。

二、不能胜任工作被辞退的法定程序

若用人单位以“不能胜任工作”为由辞退公益性岗位员工，需满足以下条件，否则可能构成违法解除：

1. 证明不能胜任：用人单位需提供客观证据（如考核记录、工作成果等），证明员工确实无法完成劳动合同约定的工作任务或岗位要求。
2. 培训或调岗：根据《劳动合同法》第四十条，用人单位应先为员工提供培训或调整工作岗位；若仍不能胜任，方可解除合同。
3. 提前通知或支付代通知金：用人单位需提前30日书面通知员工，或额外支付1个月工资（代通知金）。
4. 支付经济补偿：若用人单位完全履行上述程序，解除合同属于合法解除，但根据《劳动合同法》第四十六条，仍需支付经济补偿金（N）。计算公式为：
   经济补偿金 = 工作年限 × 月工资
   （工作年限满6个月按1年计算，不满6个月按0.5年计算；月工资为解除前12个月平均工资，且不低于当地最低工资标准）。

三、公益性岗位的例外情形

若地方性法规或政策对公益性岗位的解除补偿有特殊规定（如部分地区规定公益性岗位解除无需支付经济补偿），则需优先适用地方规定。但此类规定通常仅针对“合同到期终止”或“政策性退出”情形，若用人单位以“不能胜任工作”为由解除，仍需遵循《劳动合同法》的普遍规则。

四、违法解除的法律后果

若用人单位未履行法定程序（如未培训、未调岗、未提前通知）直接辞退，则构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。计算公式为：
赔偿金 = 2 × 工作年限 × 月工资
（例如：工作3年，月工资5000元，则赔偿金为30,000元）。

五、实务建议

1. 员工角度：若被辞退，可要求用人单位出具书面解除通知，并核查是否履行法定程序；若未履行，可申请劳动仲裁主张赔偿金。
2. 用人单位角度：辞退前需完善考核流程、留存培训或调岗证据，并依法支付补偿，避免违法解除风险。

总结：公益性岗位员工因不能胜任工作被辞退时，补偿金问题需结合法定程序和地方政策综合判断。若您涉及此类纠纷，可直接向我咨询具体细节，我将结合您的实际情况提供进一步分析。