结论：公司员工手册要求加班需申请，这一规定本身并不直接涉及合法性判断，其合法性主要取决于该规定是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否得到了员工的认可或通过民主程序制定。

详细分析：

1. 从法律法规的角度：

   • 我国《劳动法》及相关规定确实强调了加班应当遵循一定的程序和条件，比如加班需要与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时，特殊原因下每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。但这些规定主要关注的是加班的时长和程序，并未直接规定加班必须申请或如何申请。
   • 如果员工手册中的“加班需申请”规定，是为了确保加班的合法性和合理性，比如为了记录加班时间、安排调休或支付加班费等，且该规定没有违反法律法规的强制性规定，那么这样的规定在法律上是可行的。

2. 从员工认可或民主程序的角度：

   • 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 因此，如果员工手册中的“加班需申请”规定是经过上述民主程序制定的，且得到了员工的认可或至少没有遭到员工的普遍反对，那么这样的规定在法律上也是有效的。

3. 从实际操作的角度：

   • 即使员工手册中有“加班需申请”的规定，但如果员工因紧急情况或特殊原因未能及时申请加班，而实际上已经为公司提供了加班服务，公司仍应根据实际情况支付加班费或安排调休。
   • 另外，如果公司以员工未申请加班为由拒绝支付加班费或安排调休，而员工能够证明自己确实提供了加班服务，那么员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼或仲裁，要求公司承担相应的法律责任。

建议：

• 对于公司而言，制定员工手册时应当确保所有规定都符合法律法规的强制性规定，并经过民主程序制定，以得到员工的认可和支持。
• 对于员工而言，如果认为员工手册中的某些规定不合理或违法，可以向公司提出异议或建议修改，也可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

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