公司应通过合法途径主张损失赔偿，具体可从以下角度处理：

1. 明确扣车行为的法律性质
   员工私自扣留公司货车属于无权占有，可能涉嫌违反《民法典》第235条关于“返还原物请求权”的规定。若扣车目的是索要工资或报销款，可能同时涉及劳动争议，但不能以违法手段主张权利，否则需承担侵权责任。

2. 公司主张损失的合法路径

   • 立即要求返还原物：通过书面通知（如律师函）或报警（若涉及盗窃、侵占）要求员工返还车辆，避免损失扩大。
     
   • 固定损失证据：
     
     • 车辆停运损失：提供运输合同、收入证明、行车记录等，证明因扣车导致的直接经济损失；
       
     • 车辆折旧或损坏：若扣车期间车辆受损，需通过鉴定评估损失金额；
       
     • 第三方索赔：若因扣车导致公司对客户违约，需保留客户索赔的证据（如违约金发票、赔偿协议）。
       
   • 选择维权方式：
     
     • 劳动仲裁：若扣车与劳动纠纷相关（如未发工资），可一并主张工资及扣车损失（需证明损失与劳动纠纷的关联性）；
       
     • 民事诉讼：直接以“财产损害赔偿纠纷”起诉员工，要求赔偿停运损失、车辆维修费等。
       

3. 需注意的法律风险

   • 公司管理责任：若扣车因公司拖欠工资、未缴社保等引发，员工可能主张“同时履行抗辩权”（即不发工资就不还车）。但法律不支持以违法手段维权，公司仍可要求返还车辆并索赔，但需同步解决劳动纠纷（如补发工资）。
     
   • 证据充分性：若无法证明损失金额（如无运输合同、收入记录），法院可能酌情支持或驳回诉求，因此提前固定证据至关重要。
     

建议行动步骤：

1. 发送书面《返还原物通知书》给员工，限期还车；
   
2. 同步收集损失证据（合同、收入证明、车辆维修单等）；
   
3. 根据纠纷性质选择劳动仲裁或民事诉讼；
   
4. 若员工拒不还车，可申请法院“先予执行”强制返还车辆。
   

如有进一步细节（如扣车原因、损失类型），可继续向我咨询，我会结合具体情形补充分析。