结论：单位因体检不合格辞退员工是否有补偿，需根据具体情况判断，主要包括体检不合格的原因、员工岗位性质、公司告知义务及劳动合同约定等因素。以下从不同角度详细分析：
一、一般情况下需支付赔偿
普通体检不合格：
- 若员工在入职后进行的常规体检中不合格，且并未从事国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使传染病扩散的工作，仅仅因为普通的体检不合格（如一些常见的慢性疾病等），公司以此为由辞退员工，通常属于违法解除劳动合同。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
- 赔偿金计算：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若劳动者月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，但支付年限最高不超过十二年。
职业病或工伤导致体检不合格：
- 如果员工因工作原因患上职业病或发生工伤导致体检不合格，公司不能随意辞退员工，且需按照相关法律法规给予赔偿。此时，公司辞退员工将构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。
二、特殊情况可能无需赔偿
岗位有特定健康要求：
- 若工作岗位对身体健康状况有特殊要求，且公司在招聘时已明确告知应聘者该岗位的健康标准，员工入职体检结果不符合该特定要求，公司据此辞退员工，可能属于合法解除。例如，食品加工企业明确要求从事食品生产岗位的员工不得患有特定传染病，应聘者在知晓并接受该要求的情况下参加应聘，体检后发现患有相关传染病，公司辞退时通常无需支付赔偿。
试用期内且符合录用条件约定：
- 若员工处于试用期，且公司在招聘时将符合岗位健康要求设定为录用条件之一，并有明确的书面规定或在招聘时向员工明示，员工因体检不合格未能满足该录用条件，公司在试用期内辞退员工通常也无需支付赔偿。但公司需证明已履行相关告知义务，且有相应的考核标准和流程。
三、其他考虑因素
医疗期与告知义务：
- 若员工因非工作原因导致的身体问题影响工作，且公司已提前告知或给予了医疗期，但最终仍无法胜任工作，公司辞退时可能无需支付赔偿。但这也取决于劳动合同和公司规定的具体内容，以及当地的法律法规。
劳动合同与公司规定：
- 具体的赔偿责任还需参考劳动合同中的相关条款以及公司的内部规定。若劳动合同或公司规定中有明确约定，应按照约定执行。
四、建议与行动
查阅劳动合同与公司规章制度：
- 仔细审查劳动合同中关于健康状况与工作胜任关系的条款，以及公司规章制度中对于体检不合格辞退员工的具体规定。若无明确规定，公司仅以体检不合格为由辞退可能构成违法解除。
核实体检项目与工作关联性：
- 分析体检不合格项目是否真正影响工作职责履行。例如，轻微身体指标异常对于非体力劳动岗位不应成为辞退理由。
与公司沟通协商：
- 主动与公司人力资源部门或上级领导沟通，了解辞退具体原因，并表达对体检结果与工作关系的看法。尝试探讨调整岗位或其他解决方案。
收集证据并申请劳动仲裁：
- 如协商无果，可收集劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、书面辞退通知、体检报告、沟通记录等证据，向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，明确阐述诉求，如要求支付违法解除劳动合同的赔偿金或恢复劳动关系等。
总结：单位因体检不合格辞退员工是否有补偿，需综合考虑多种因素。作为员工，应了解自己的权益，并在必要时采取合适的法律措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。