公司申请工伤认定时，劳动合同是重要证据，但并非唯一依据。具体分析如下：

1. 劳动合同的作用
   劳动合同是证明劳动者与用人单位存在劳动关系的核心文件。根据《工伤保险条例》第十八条，申请工伤认定需提交“与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料”。若已签订书面劳动合同，可直接作为劳动关系存在的直接证据，简化认定流程。

2. 无劳动合同时的替代方案
   若未签订劳动合同，仍可通过以下材料证明劳动关系：

   • 工资支付记录（如银行流水、转账记录）；
     
   • 工作证、服务证等身份证明文件；
     
   • 考勤记录、工作安排记录；
     
   • 同事证言、录音录像等辅助证据；
     
   • 社保缴纳记录（若已参保）。
     实践中，劳动仲裁委员会或法院可能根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》综合判断是否存在事实劳动关系。

3. 特殊情形处理

   • 非全日制员工：若符合非全日制用工条件（如每日工作不超过4小时、周累计不超过24小时），仍可申请工伤认定，但需提供用工形式证明。
     
   • 违法分包/挂靠：若劳动者受雇于无资质的个人或单位，根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》，发包方或被挂靠方可能承担工伤保险责任，此时需提供分包合同、挂靠协议等证据。

4. 实务建议

   • 及时取证：发生事故后，立即收集现场照片、医疗记录、证人联系方式等，避免证据灭失。
     
   • 申请时效：用人单位需在事故发生后30日内申请工伤认定；逾期未申请的，劳动者或其近亲属可在1年内直接向社保部门提出申请。
     
   • 争议解决：若对劳动关系存在争议，可先申请劳动仲裁确认劳动关系，再申请工伤认定。

提示：工伤认定涉及程序性要求和实体性审查，建议根据具体情况准备完整证据链。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。