村集体可通过以下法律途径收回被政府违法占用且闲置多年的农耕土地：

1. 确认违法占用事实
   根据《土地管理法》第44条，政府征收农用地需依法办理农用地转用审批手续。若政府未履行法定程序（如未取得征地批文、未公告征收方案、未落实补偿安置等），则构成违法占地。村集体应首先通过政府信息公开申请（依据《政府信息公开条例》第13条）获取征收文件、用地批复等材料，确认是否存在程序违法或实体违法情形。

2. 启动闲置土地处置程序
   若土地已依法征收但闲置超过2年，村集体可依据《土地管理法》第38条及《闲置土地处置办法》第4条，向县级以上自然资源主管部门申请调查。根据规定，政府作为用地单位闲置土地的，自然资源部门应责令其限期开发或无偿收回土地使用权。村集体需提交土地闲置证据（如现场照片、卫星影像、政府未开发证明等）。

3. 提起行政复议或诉讼

   • 行政复议：若政府拒绝收回土地或未依法处置闲置土地，村集体可向上一级政府或自然资源部申请行政复议（依据《行政复议法》第13条），要求撤销违法占地行为或责令履行法定职责。
     
   • 行政诉讼：复议未果的，村集体可在6个月内向法院提起行政诉讼（依据《行政诉讼法》第46条），以政府为被告，主张其违法占地行为无效或要求履行收回土地的义务。

4. 主张土地返还或赔偿
   若土地未被依法征收，政府仅通过协议或强制方式占用，村集体可依据《民法典》第235条（物权保护请求权）要求返还土地；若土地已被征收但补偿未到位，可依据《土地管理法实施条例》第32条主张补足补偿；若政府行为导致土地毁损，可同时主张赔偿损失（依据《国家赔偿法》第4条）。

关键证据与程序提示：

• 村集体需收集土地权属证明（如集体土地所有权证）、政府占地文件（如征收公告、补偿协议）、土地闲置证据（如未开发建设照片）等材料。
  
• 程序上应优先通过行政途径（如申请信息公开、闲置调查）固定证据，再视情况启动复议或诉讼，避免直接对抗导致维权受阻。
  

风险提示：
若土地已被政府依法征收并出让给第三方，村集体可能无法直接收回，但可就征收程序违法或补偿不足另行主张权利。建议根据具体案情委托律师介入，制定针对性策略。