关于设施农业用地协议方案公示3天是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，因为它取决于具体的地区规定和备案管理流程。不过，我可以根据一般性的设施农业用地管理规定和流程，结合您提供的参考信息，来给您一个详细且深入的解答。

首先，我们需要明确的是，设施农业用地的管理通常遵循着一定的法律法规和政策要求，这些要求可能因地区而异。在大多数情况下，设施农业用地的使用需要经过备案管理流程，这个流程可能包括申请、公示、征求意见、签订合同、审核论证、集体决策、录入监管系统等多个环节。

针对您提到的“公示3天”的问题，根据《埭溪镇设施农业用地管理办法(试行)》的政策解读，我们可以看到在备案管理流程中，有一个环节是“村内公示”，且公示时间“不少于5个工作日”。这表明，在该管理办法下，公示时间是有明确要求的，且通常不少于5个工作日。因此，如果仅公示3天，可能并不符合该管理办法的规定。

然而，这并不意味着所有地区的设施农业用地协议方案公示时间都必须不少于5个工作日。因为不同地区可能根据自身的实际情况和政策要求，制定了不同的备案管理流程和公示时间。所以，要确定公示3天是否合法，我们需要查阅具体地区的相关政策文件或规定。

此外，即使公示时间符合当地政策要求，我们还需要关注公示的内容是否完整、准确，以及是否充分征求了相关方的意见。因为公示的目的是为了让相关方了解设施农业用地的使用情况，并有机会提出意见和建议，从而确保设施农业用地的合法、合规使用。

综上所述，设施农业用地协议方案公示3天是否合法，取决于具体地区的相关政策文件或规定。如果您想了解某个具体地区的公示时间要求，建议您查阅该地区的相关政策文件或咨询当地的相关部门（如乡镇政府、自然资源所等）。同时，无论公示时间如何，我们都应确保公示内容的完整性和准确性，并充分征求相关方的意见，以确保设施农业用地的合法、合规使用。