结论前置：多发工资在符合一定条件下是可以追溯扣回的，但具体操作需分情况讨论。
从劳动合同和公司规章制度的角度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了多发工资的处理方式，比如约定了“若因计算错误等原因多发工资，公司有权在发现后从后续工资中扣除”，那么公司可以依据这些规定，在发现多发工资后，从员工后续的工资中合理扣除。这种情况下，公司的行为是合法且有依据的。
- 如果没有明确的合同或制度规定，公司也可以与员工进行协商，说明情况并请求员工返还多发的工资。如果员工同意，那么公司可以通过协商的方式解决这一问题。
从法律原则的角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定，如果员工没有合法依据而获得了多发的工资，这构成了不当得利。公司作为受损方，有权要求员工返还多得的利益。因此，从法律原则上讲，公司是有权追溯扣回多发工资的。
- 但是，公司在行使这一权利时，也需要注意方式和方法。不能采取非法手段，如擅自停发员工工资、扣除员工其他合法收入等。这些行为可能违反劳动法律法规，给公司带来不必要的法律风险。
实际操作中的注意事项：
- 公司在发现多发工资后，应及时与员工进行沟通，说明情况并请求返还。在沟通过程中，应保持礼貌和尊重，避免引起不必要的纠纷。
- 如果员工拒绝返还多发工资，公司可以考虑通过法律途径解决。但在采取法律行动前，应充分评估成本和收益，确保行动的合理性和必要性。
- 公司也应加强内部管理，完善工资计算和发放流程，避免类似情况的发生。这不仅可以减少公司的经济损失，也可以提升公司的管理水平和员工满意度。
建议：如果公司发现多发工资的情况，建议首先与员工进行友好协商，寻求妥善解决方案。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。同时，公司也应加强内部管理，预防类似情况的发生。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。