结论：公司在法院陈述会尊重事实，但这并不妨碍其以时效届满为由进行抗辩。时效届满是一个独立的法律抗辩事由，只要符合相关法律规定，公司就有权提出。
分析说明：
时效届满作为抗辩事由的独立性：
- 时效制度是法律为了促使权利人及时行使权利，维护社会秩序和交易安全而设立的。一旦时效期间届满，权利人将丧失通过法律途径强制实现其权利的可能性（当然，实体权利本身并不因此消灭）。
- 公司在法院陈述尊重事实，这是其作为诉讼参与人应尽的义务，也是诚信诉讼的基本要求。然而，尊重事实并不等同于放弃所有法律抗辩权利。时效届满作为一项独立的法律抗辩事由，只要符合法定条件，公司就有权提出。
尊重事实与时效抗辩的并存性：
- 尊重事实主要指的是公司在诉讼过程中应如实陈述案件事实，不隐瞒、不歪曲。而时效抗辩则是基于法律规定，对权利人行使权利的时间限制提出的反驳。
- 两者并不矛盾。公司可以在尊重事实的前提下，同时主张时效届满的抗辩。例如，如果公司确实与劳动者存在劳动关系，但劳动者在主张权利时已经超过了法定时效期间，公司就可以在承认劳动关系的同时，以时效届满为由进行抗辩。
法院对时效抗辩的审查：
- 法院在审理案件时，会依法对双方提出的抗辩事由进行审查。如果公司提出时效届满的抗辩，法院会核实劳动者主张权利的时间是否确实超过了法定时效期间。
- 如果法院认定时效确实已经届满，且没有法定中止、中断或延长的事由，那么法院将不会支持劳动者的诉讼请求，即使公司承认与劳动者存在劳动关系。
法律建议：
- 对于劳动者而言，应及时行使自己的权利，避免超过法定时效期间。如果确实因为某些原因耽误了时效，可以尝试寻找时效中止、中断或延长的法定事由，以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在承认与劳动者存在劳动关系的同时，如果发现劳动者的主张已经超过了法定时效期间，可以依法提出时效届满的抗辩。但同时，也应尊重事实，如实陈述案件情况，避免因为不诚信诉讼而承担不利后果。
可能后果：
- 如果公司成功提出时效届满的抗辩，且法院予以采纳，那么劳动者将无法通过法律途径强制实现其权利（如要求公司支付工资、赔偿金等）。
- 如果公司未提出时效抗辩或抗辩不成立，且法院认定劳动关系存在且劳动者主张合法，那么公司可能需要承担相应的法律责任。
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