针对您提出的问题，即乙方购买甲方房产后反悔，甲方已退款，现需处理公证书的问题，以下是我的详细解答：
公证书的性质与效力：
- 公证书是公证机构根据当事人的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动所出具的证明文件。
- 在房屋买卖合同中，公证书通常用于证明合同的签订、履行等事实，具有较高的证明力。
公证书的处理方式：
- 合同解除与公证书撤销：既然乙方已决定不购买房产，且甲方已退款，双方实际上已解除了房屋买卖合同。在此情况下，如果公证书是专门针对该房屋买卖合同出具的，且合同已解除，那么双方可以考虑向原公证机构申请撤销该公证书。撤销公证书需要双方共同申请，并提交相关证明材料，如退款凭证、合同解除协议等。
- 公证书留存与说明：如果撤销公证书存在困难或双方认为没有必要撤销，也可以选择留存该公证书，并在公证书上或另行出具书面说明，明确该公证书所涉及的房屋买卖合同已解除，且甲方已退款给乙方。这样，在未来可能出现的法律纠纷中，该公证书和书面说明可以作为证据使用，以证明双方已就合同解除和退款事宜达成一致。
法律建议与注意事项：
- 及时沟通：双方应就公证书的处理方式及时沟通，达成一致意见，并尽快采取行动。
- 保留证据：无论选择撤销公证书还是留存并出具书面说明，双方都应保留好相关证据，如退款凭证、合同解除协议、沟通记录等，以备不时之需。
- 咨询专业意见：如果双方对公证书的处理方式存在疑虑或争议，建议咨询专业律师或公证机构的意见，以确保处理方式的合法性和有效性。
可能涉及的法律后果：
- 如果双方未妥善处理公证书，未来可能因公证书的证明力而引发不必要的法律纠纷。例如，如果公证书仍被视为有效，而实际上合同已解除，那么第三方可能基于公证书的证明力而主张权利，给双方带来不必要的麻烦。
- 因此，妥善处理公证书是避免未来法律纠纷的重要一环。
总结来说，针对您提出的问题，建议双方根据实际情况选择撤销公证书或留存并出具书面说明的方式处理公证书。在处理过程中，双方应保持沟通、保留证据，并咨询专业意见以确保处理方式的合法性和有效性。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。