结论：企业退休人员代为人办事收取劳务费并有双方协议，在一般情况下是合法的，但具体合法性还需根据协议内容、行为性质以及相关法律法规进行综合判断。
分析说明：
协议合法性基础：
- 双方协议是民事法律行为的基础，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，那么该协议就是有效的。
- 在企业退休人员代为人办事并收取劳务费的情境中，如果双方能够就服务内容、劳务费用、支付方式等关键条款达成一致，并形成书面协议，那么这份协议在法律上通常是有效的。
行为性质考量：
- 企业退休人员代为人办事的行为，如果属于个人提供劳务的范畴，且没有违反相关法律法规（如没有利用原职务之便谋取私利，没有从事违法活动等），那么这种行为是合法的。
- 如果退休人员利用原职务的影响力或便利条件，为他人谋取不正当利益，并收取劳务费，那么这种行为可能构成违法或犯罪，如受贿罪等。
劳务费用合理性：
- 劳务费用的收取应当合理，与提供的服务内容、市场行情等相匹配。如果劳务费用过高或过低，且没有合理的解释，可能会引发法律纠纷或税务问题。
- 双方应当在协议中明确劳务费用的计算方式、支付时间等关键条款，以避免后续争议。
相关法律法规遵守：
- 在提供劳务和收取劳务费的过程中，双方应当遵守相关法律法规，如税法、劳动法等。特别是退休人员，如果其收入达到一定标准，可能需要依法缴纳个人所得税。
- 如果双方的行为涉及其他特定领域（如医疗、教育等），还需要遵守该领域的特殊规定。
特殊场景：
- 如果企业退休人员代为人办事的行为与其原职务有直接关联，且可能涉及利用原职务之便谋取私利的情况，那么这种行为的合法性就需要特别谨慎判断。在这种情况下，即使双方有协议，也可能因为违反法律法规而无效。
建议与行动：
- 对于企业退休人员而言，在代为人办事并收取劳务费前，应当仔细审查协议内容，确保自己的行为合法合规。同时，也可以咨询专业律师或相关机构，以获取更准确的法律意见。
- 对于聘请退休人员办事的一方而言，也应当对协议内容进行仔细审查，确保自己的权益得到保障。如果发现退休人员的行为存在违法或违规嫌疑，应当及时终止合作并寻求法律帮助。
后续思考依据：
- 在判断企业退休人员代为人办事收取劳务费并有双方协议是否合法时，需要综合考虑协议内容、行为性质、劳务费用合理性以及相关法律法规的遵守情况等多个因素。
- 如果双方对协议的合法性或履行过程中产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决。在这个过程中，法律的专业性和复杂性将得到充分体现，因此寻求专业律师的帮助是非常重要的。
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