结论：农村征地时村委扣除20%-25%的款项是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括扣除款项的性质、扣除依据以及是否符合相关法律法规的规定。

法律分析：

1. 扣除款项的性质：

   • 如果扣除的是土地补偿费、安置补助费等法定补偿项目的一部分，且扣除比例在合理范围内，且扣除的款项用于村集体公共事业或村民共同利益，那么这种扣除可能是合法的。
   • 如果扣除的是与征地无关的费用，或者扣除比例过高，损害了被征地农民的合法权益，那么这种扣除就是不合法的。

2. 扣除依据：

   • 村委扣除款项必须有明确的法律依据或政策支持。例如，根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，土地补偿费、安置补助费等应支付给被征地农民或农村集体经济组织，用于保障被征地农民的生活和长远生计。如果村委扣除款项是基于这些法律法规的明确规定，且扣除比例合理，那么可能是合法的。
   • 如果村委扣除款项没有明确的法律依据或政策支持，或者扣除比例超出了法律法规规定的范围，那么这种扣除就是不合法的。

3. 是否符合相关法律法规的规定：

   • 根据《中华人民共和国村民委员会组织法》等相关法律法规，村委在处理村集体事务时，应当遵循民主议定程序，保障村民的知情权、参与权和监督权。如果村委在扣除款项前未经过民主议定程序，或者未向村民公开扣除款项的具体情况，那么这种扣除可能违反了相关法律法规的规定。
   • 此外，如果扣除的款项涉及被征地农民的切身利益，且扣除比例过高，导致被征地农民的生活水平下降，那么这种扣除也可能违反了相关法律法规中关于保障被征地农民合法权益的规定。

律师观点：

• 在农村征地过程中，村委扣除款项必须合法合规，不能损害被征地农民的合法权益。如果村委扣除20%-25%的款项没有明确的法律依据或政策支持，或者扣除比例过高，损害了被征地农民的合法权益，那么被征地农民有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
• 同时，我也建议被征地农民在征地过程中保持警惕，及时了解征地政策、补偿标准以及村委扣除款项的具体情况。如果发现村委扣除款项存在违法行为或不合理之处，应及时向相关部门反映情况并寻求帮助。

建议行动：

• 如果您作为被征地农民，对村委扣除款项的行为存在疑问或不满，建议您首先与村委进行沟通协商，了解扣除款项的具体原因和依据。
• 如果沟通协商无果，您可以向当地乡镇政府或土地管理部门投诉举报，要求相关部门对村委的行为进行调查处理。
• 如果问题仍然得不到解决，您可以考虑寻求法律援助或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

具体案例参考（虽非直接相关，但提供类似情境下的处理思路）：

• 在某些地区，曾出现过村委在征地过程中擅自扣除补偿款用于村集体建设的情况。被征地农民通过向当地政府投诉举报，并最终通过法律途径成功追回了被扣除的补偿款。这些案例表明，被征地农民在维护自己合法权益方面是有法律保障的。

计算公式（如涉及具体金额计算）：

• 若需计算应得补偿款与实际到账补偿款的差额，可使用以下公式：差额 = 应得补偿款 - 实际到账补偿款。其中，应得补偿款可根据当地征地补偿标准及被征地面积计算得出。

总结：农村征地时村委扣除20%-25%的款项是否合法，需结合具体情况判断。如果您对此有疑问或不满，建议及时与村委沟通协商，并向相关部门投诉举报或寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。