结论：在起诉小三不当得利且小三将钱归还的情况下，起诉的费用一般由原告（即起诉方）承担，但具体承担方式可能因案件具体情况和法院判决而有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼费用的一般原则
在民事诉讼中，诉讼费用通常由原告预交，并最终由法院根据案件的具体情况，如胜诉、败诉情况，来决定诉讼费用的最终承担方。这是基于《诉讼费用交纳办法》的相关规定，该办法明确了诉讼费用的交纳范围、交纳标准以及负担原则。
二、不当得利诉讼中的费用承担
原告预交：在起诉小三不当得利的案件中，原告（即认为自己的权益受到侵害，要求小三返还不当得利的一方）需要预交诉讼费用，包括案件受理费、申请费等。
法院判决：案件审理结束后，法院会根据案件的具体情况，如原告的诉讼请求是否得到支持、被告是否存在过错等，来决定诉讼费用的最终承担方。如果原告胜诉，且被告（小三）确实存在不当得利的行为，那么法院可能会判决被告承担部分或全部诉讼费用。然而，如果小三在诉讼过程中或判决前已经主动归还了不当得利，这并不影响诉讼费用的承担原则，但法院在判决时可能会考虑这一因素，对诉讼费用的承担作出相应调整。
特殊情况：如果原告在诉讼过程中撤诉，或者案件被法院裁定驳回起诉，那么诉讼费用通常由原告自行承担。
三、实际案例中的费用承担
在实际操作中，即使小三归还了不当得利，诉讼费用的承担也可能因案件具体情况而有所不同。例如，如果小三的归还行为是在法院判决前主动进行的，且原告因此撤回了部分或全部诉讼请求，那么法院可能会根据实际情况，酌情减少原告应承担的诉讼费用。另外，如果双方能够在诉讼过程中达成和解，并约定诉讼费用的承担方式，那么法院也会尊重双方的约定。
四、建议与注意事项
保留证据：在起诉前，原告应充分收集并保留相关证据，以证明小三存在不当得利的行为，以及自己因此遭受的损失。
咨询专业律师：由于诉讼费用的承担可能因案件具体情况而有所不同，且涉及复杂的法律程序和规定，因此建议原告在起诉前咨询专业律师，以了解具体的诉讼费用承担原则和可能的风险。
考虑和解或调解：在诉讼过程中，双方可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以减少诉讼成本和时间成本。如果双方能够达成和解或调解协议，并约定诉讼费用的承担方式，那么这将是一个更为高效和经济的解决方案。
最后，如果你在此类问题上还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。