不配合药品管理法实施条例中的检查，将面临警告、罚款等行政处罚，情节严重的还可能面临更严厉的处罚措施。具体来说：
行政处罚措施：
- 根据《中华人民共和国药品管理法》及其实施条例的相关规定，药品监督管理部门在进行监督检查时，有权进入被检查单位的生产、经营场所进行检查，被检查单位应当予以配合，不得拒绝和隐瞒。
- 如果被检查单位不配合检查，药品监督管理部门可以给予警告，并责令限期改正。这是对于不配合检查行为的一种初步行政处罚，旨在促使被检查单位认识到其错误并主动改正。
罚款处罚：
- 如果被检查单位在警告后仍不改正，或者不配合检查的行为情节严重，药品监督管理部门可以进一步处以罚款。罚款的数额根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素确定，可能达到数万元甚至更高。
其他严厉措施：
- 对于情节严重的不配合检查行为，药品监督管理部门还可以采取其他严厉措施，如责令停产停业整顿、吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证等。这些措施将直接对被检查单位的经营产生重大影响，甚至可能导致其无法继续从事药品相关活动。
分析说明：
- 不配合药品管理法实施条例中的检查，不仅违反了法律法规的规定，也阻碍了药品监督管理部门的正常工作，可能对药品市场的秩序和公众健康造成潜在威胁。
- 药品监督管理部门在采取处罚措施时，会综合考虑违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素，确保处罚的公正性和合理性。
行动建议：
- 被检查单位：应积极配合药品监督管理部门的检查工作，如实提供相关资料和信息，不得拒绝和隐瞒。如果对检查有异议或疑问，可以及时与药品监督管理部门沟通并寻求解决方案。
- 公众：如果发现药品生产、经营单位存在不配合检查等违法行为，可以向药品监督管理部门举报，共同维护药品市场的秩序和公众健康。