针对医疗机构使用过期药品及非法购药且拒不配合的情况，处罚措施主要包括行政处罚、民事赔偿以及可能的刑事责任，具体如下：

1. 行政处罚：

   • 依据：根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，医疗机构使用过期药品或非法购药，均属于违法行为。
   • 处罚措施：药品监督管理部门有权对医疗机构进行警告、没收违法使用的药品和违法所得、罚款等行政处罚。罚款的数额根据违法行为的情节严重程度而定，可能涉及药品货值金额的数倍至数十倍。
   • 拒不配合的后果：若医疗机构在药品监督管理部门进行调查时拒不配合，如拒绝提供相关证据、隐瞒事实等，药品监督管理部门可以依法采取更严厉的处罚措施，包括但不限于加重罚款、责令停业整顿等。

2. 民事赔偿：

   • 依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，医疗机构因使用过期药品或非法购药导致患者损害的，应当承担民事赔偿责任。
   • 赔偿范围：包括患者因治疗产生的医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。
   • 举证责任：患者需证明医疗机构存在过错行为（如使用过期药品、非法购药）以及该过错行为与其损害结果之间存在因果关系。医疗机构若拒不配合提供相关证据，可能承担不利后果。

3. 刑事责任：

   • 依据：若医疗机构使用过期药品或非法购药的行为情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 可能涉及的罪名：如生产、销售劣药罪（若过期药品被认定为劣药）、非法经营罪（若非法购药行为涉及未经许可经营药品）等。
   • 量刑标准：根据犯罪的具体情节和造成的后果，依法判处相应的刑罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。

针对医疗机构拒不配合的情况，患者或监管部门可以采取以下措施：

• 向药品监督管理部门举报：患者或知情人士可以向当地药品监督管理部门举报医疗机构的违法行为，药品监督管理部门将依法进行调查处理。
• 申请医疗事故鉴定：若患者认为医疗机构的过错行为导致其损害，可以申请医疗事故鉴定，以明确医疗机构的责任。
• 提起民事诉讼：患者可以根据民事赔偿的相关规定，向人民法院提起民事诉讼，要求医疗机构承担赔偿责任。
• 寻求法律援助：在处理此类纠纷时，患者可以寻求专业律师的法律援助，以更好地维护自己的合法权益。

总结来说，医疗机构使用过期药品及非法购药且拒不配合的行为，将面临行政处罚、民事赔偿以及可能的刑事责任。患者或监管部门应依法采取相应措施，维护自身权益和社会公共利益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。