针对药品经营者不配合的情况，其处罚措施主要依据相关法律法规进行，具体如下：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，药品经营者若不配合监管部门的监督检查、抽查检验等，或者拒绝、逃避监督检查，伪造、销毁、隐匿有关证据材料的，药品监督管理部门可以责令其改正，给予警告，并处以罚款。罚款的数额根据违法行为的情节轻重，可能从十万元到五十万元不等。若情节严重，还可能面临吊销药品经营许可证等更严厉的处罚。
- 举例来说，如果药品经营者在被检查时故意隐藏或销毁不合格药品的记录，这就构成了拒绝、逃避监督检查和伪造、销毁证据的行为，将可能受到上述行政处罚。
刑事责任：
- 在某些严重情况下，药品经营者的不配合行为可能构成犯罪。例如，如果经营者生产、销售劣药，且对人体健康造成严重危害，或者有其他严重情节的，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临有期徒刑、无期徒刑甚至死刑的刑事处罚，并处或单处罚金。虽然这更多是针对生产、销售劣药的行为，但不配合调查、隐瞒真相等行为可能作为加重情节被考虑。
- 需要注意的是，刑事责任通常是在违法行为情节特别严重，且造成严重后果的情况下才会追究。
民事赔偿：
- 如果药品经营者的不配合行为导致消费者或其他受害者遭受损失，如因使用不合格药品而健康受损，那么经营者还可能需要承担民事赔偿责任。这包括赔偿受害者的医疗费用、误工费、精神损失费等。
- 举例来说，如果消费者因使用了药品经营者销售的不合格药品而住院治疗，那么经营者就需要承担消费者的医疗费用、护理费、营养费等民事赔偿责任。
法律建议：
- 对于药品经营者而言，应当严格遵守相关法律法规，积极配合监管部门的监督检查，确保药品的质量和安全。一旦出现问题，应主动承担责任，积极采取措施进行整改，以避免更严重的法律后果。
- 对于消费者而言，如果发现药品经营者存在不配合或违法行为，应及时向监管部门举报，并保留好相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
可能面临的法律后果总结：
药品经营者不配合监管部门的工作，可能面临行政处罚、刑事责任以及民事赔偿等多重法律后果。这些后果的严重程度取决于违法行为的情节和造成的后果。因此，药品经营者应当高度重视合规经营，确保药品的质量和安全。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。