擅自改变厂房格局且存在重大安全隐患的，将面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事处罚，具体处罚方式需根据实际情况判断。以下从不同法律角度详细分析：
一、行政处罚
依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第七十条：“违反本法规定，涉及建筑主体或者承重结构变动的装修工程擅自施工的，责令改正，处以罚款；造成损失的，承担赔偿责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
- 根据《中华人民共和国安全生产法》第九十九条：“生产经营单位未采取措施消除事故隐患的，责令立即消除或者限期消除，处五万元以下的罚款；生产经营单位拒不执行的，责令停产停业整顿，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五万元以上十万元以下的罚款；构成犯罪的，依照刑法有关规定追究刑事责任。”
处罚措施：
- 责令改正：要求擅自改变厂房格局的行为人立即停止违法行为，恢复原状或采取补救措施。
- 罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，处以相应数额的罚款。
- 停产停业整顿：在情节严重的情况下，可以责令生产经营单位停产停业整顿，直至消除安全隐患。
二、民事赔偿
依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条：“行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。”
- 如果擅自改变厂房格局导致厂房倒塌、火灾等事故，造成他人人身伤害或财产损失的，行为人应承担相应的民事赔偿责任。
赔偿范围：
- 包括但不限于医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金、财产损失等。
三、刑事处罚
依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百三十五条：“安全生产设施或者安全生产条件不符合国家规定，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。”
- 如果擅自改变厂房格局导致重大安全事故，如厂房倒塌、多人伤亡等，且行为人存在过错或故意，可能构成重大责任事故罪或工程重大安全事故罪等。
刑罚：
- 根据犯罪情节的严重程度，可能面临有期徒刑、拘役等刑罚。
四、建议措施
- 立即停止违法行为：一旦发现擅自改变厂房格局且存在重大安全隐患，应立即停止违法行为，并采取措施消除隐患。
- 主动报告相关部门：向当地住房和城乡建设部门、安全生产监督管理部门等报告情况，接受调查和处理。
- 积极配合整改：按照相关部门的要求，积极配合整改工作，确保厂房结构安全和生产安全。
- 寻求法律帮助：如有需要，可以咨询专业律师，了解自身权益和义务，以及可能面临的法律责任和后果。