公司因标书问题丢标后进行罚款的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 若罚款主体为招标方（如政府、企业等）
   根据《招标投标法》及相关法规，招标方通常无权直接对投标方进行罚款。招标方的核心权利是依据评标结果决定中标方，或对违规行为（如串标、弄虚作假）没收投标保证金，但“罚款”并非法定处罚方式。若招标方以标书问题为由要求投标方支付罚款，可能涉嫌超越权限，投标方可拒绝并投诉至行政监督部门（如公共资源交易中心）。

2. 若罚款主体为公司内部（如上级对下级、公司对员工）
   需结合公司规章制度及劳动合同判断：

   • 合法情形：若公司规章制度明确规定“标书制作失误导致丢标需承担经济责任”，且该制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、已向员工公示，则公司可依据制度扣减绩效或要求赔偿部分损失（但每月扣减不得超过工资的20%）。
     
   • 违法情形：若制度未公示、未经民主程序，或罚款金额超过法定比例，或直接从工资中扣除未留存书面协议，则员工可主张罚款无效，甚至以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同并要求经济补偿。

3. 若罚款主体为第三方（如合作方、客户）
   除非合同明确约定“标书问题导致丢标需支付违约金”，否则第三方无权单方面罚款。即使合同有约定，违约金金额也需符合《民法典》第585条的“过分高于损失”可调整原则（通常不超过实际损失的30%）。

建议行动：

• 若为招标方罚款：要求其出具书面处罚依据，向行政监督部门投诉；
  
• 若为公司内部罚款：核查制度合法性，保留工资条、罚款通知等证据，必要时申请劳动仲裁；
  
• 若为第三方罚款：核对合同条款，评估违约金合理性，协商调整或通过诉讼解决。
  

如有进一步细节（如罚款主体、金额、合同条款等），可向我补充说明，我会为您具体分析。