针对您提出的“建设项目未验收已使用怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律后果与风险
首先，必须明确的是，根据《中华人民共和国民法典》、《建筑法》以及《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设工程必须经验收合格后方可投入使用。这是法律的强制性要求，旨在确保工程质量，保障公共安全，并维护各方合法权益。若建设项目未经验收即已使用，将面临以下法律后果和风险：
视为工程已竣工：根据相关司法解释，若发包人擅自使用未经验收的建设工程，该行为将被视为工程已竣工。
丧失对一般工程质量异议的权利：发包人擅自使用后，对于除地基基础工程和主体结构外的质量问题，通常无法再向承包人主张权利。这意味着发包人需自行承担因擅自使用而可能引发的质量问题责任。
仍需支付工程款：即使工程未经验收，承包人仍有权要求发包人按照合同约定支付工程价款。发包人不得以工程未验收为由拒绝支付。
行政处罚：相关行政部门可对建设单位进行行政处罚，包括责令改正、罚款等。罚款金额通常根据工程合同价款的一定比例确定，可能给建设单位带来显著的经济损失。
二、处理建议
针对建设项目未验收已使用的情况，我建议您采取以下措施：
立即停止使用：首先，应立即停止使用未经验收的建设工程，以避免可能的质量问题和法律责任进一步扩大。
组织补验：尽快组织设计、施工、工程监理等单位对建设工程进行补验。补验过程中，应严格按照国家施工验收规范和质量检验标准进行，确保工程符合验收条件。
完善技术档案和资料：在补验前，应确保技术档案完整、建筑材料试验报告齐全等，以满足验收条件。这有助于加快补验进程，并降低因资料不全而导致的验收失败风险。
与承包人协商：若因擅自使用而引发质量问题或工程款支付纠纷，应与承包人积极协商，寻求和解方案。通过协商，可以达成双方都能接受的解决方案，避免法律纠纷的进一步升级。
寻求法律帮助：若协商无果，或面临行政处罚等法律风险，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您维护自身合法权益。
三、预防措施
为避免类似情况再次发生，我建议您在未来的建设项目中采取以下预防措施：
严格遵守法律法规：确保所有建设活动都严格遵守相关法律法规和合同约定，特别是关于工程验收的规定。
加强项目管理：建立健全的项目管理制度，明确各方职责和验收流程，确保工程按时、按质完成验收。
提高风险意识：增强对法律风险和质量风险的认识，及时采取措施防范和化解风险。
综上所述，建设项目未验收已使用将带来一系列不利的法律后果和风险。因此，我建议您立即停止使用、组织补验，并采取相应的预防措施，以确保建设工程的合法合规使用。