公司以法人账户发工资本身并不直接等同于违法，但其合法性取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
合法性基础
劳动关系的存在：
- 若法人同时在公司担任具体职务，如董事、经理等，并实际参与公司的经营管理活动，则与公司之间形成劳动关系。在此情况下，公司按照劳动合同或内部薪酬制度向法人支付工资是合法的。这一做法符合《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，即用人单位有义务向与其建立劳动关系的劳动者支付劳动报酬。
实际劳动付出：
- 即使法人未明确担任某一职务，但如确实为公司的运营付出了实质性劳动，如参与项目谈判、业务拓展等，公司基于其劳动贡献支付合理报酬同样合法。
合法性考量
工资标准与约定的合理性：
- 法人的工资应与其工作职责、业绩及公司内部薪酬制度相匹配。合理的工资标准与双方约定是判断工资发放合法性的重要依据。
税务合规性：
- 在支付法人工资时，公司需依法代扣代缴个人所得税等税费。税务合规性是判断工资发放是否合法的重要方面，违反税务规定将可能面临补缴税款、滞纳金及罚款等法律后果。
公司治理结构的遵循：
- 公司发放法人工资应符合其治理结构的规定和程序，包括必要的审批和决策流程。未经合法程序擅自发放工资可能构成违法行为。
违法性情况
无实际工作而发放工资：
- 若法人未在公司担任具体职务且无实际工作，但公司仍向其发放工资，这可能构成违法行为，如税务欺诈、虚假报账等。此行为不仅损害公司和其他股东的利益，还可能影响债权人的权益。
抽逃出资与逃避税收：
- 法人通过虚构工资支付方式抽逃出资或不合理地提高自己工资以逃避企业所得税和个人所得税的行为均属违法。这些行为严重损害了公司财务的完整性和税收的公平性。
工资发放时间与金额违规：
- 公司拖欠、克扣法人工资或未按法定标准支付加班费等现象也构成违法行为，侵犯了法人的合法权益。
实际操作建议
确保劳动关系明确：
- 如果法人同时担任公司职务，应确保有明确的劳动合同或内部协议，明确双方的权利和义务，包括工资标准、支付方式等。
遵守税务规定：
- 公司应依法代扣代缴法人工资的个人所得税等税费，确保税务合规。
完善公司治理结构：
- 公司应建立健全的治理结构，确保工资发放等决策过程合法合规，避免未经审批擅自发放工资的情况。
保留相关证据：
- 公司应保留与法人工资发放相关的所有证据，如工资单、银行转账记录、税务申报表等，以备查验。
总结来说，公司以法人账户发工资的合法性需综合考虑劳动关系、工资标准与约定、税务合规性及公司治理结构等多个因素。为确保合法合规，公司应加强内部管理，完善相关制度，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。