子公司人员挪用资金已经归还，仍需根据具体情况从刑事、民事及内部管理三个层面综合处理，具体分析如下：

1. 刑事层面：可能构成挪用资金罪，但归还行为可作为量刑情节
   根据《刑法》第二百七十二条，若子公司人员利用职务便利，挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，数额较大、超过三个月未还，或虽未超过三个月但数额较大、进行营利活动/非法活动的，构成挪用资金罪。

   • 已归还的影响：归还行为属于“退赃”情节，可在量刑时作为从轻或减轻处罚的依据，但无法完全免除刑事责任。若数额巨大或存在多次挪用等情节，仍可能被追究刑事责任。
     
   • 建议：子公司应立即向公安机关报案，由司法机关依法调查。若情节轻微（如数额较小、未造成损失），可争取不起诉或缓刑；若情节严重，需配合司法程序并积极退赃，以争取从宽处理。

2. 民事层面：子公司可主张损害赔偿及违约金
   即使资金已归还，子公司仍可依据《民法典》第一百八十六条（违约责任与侵权责任竞合）或第九百八十五条（不当得利返还）要求行为人赔偿损失，例如：

   • 利息损失：若挪用期间资金产生利息收益，子公司可要求行为人赔偿；
     
   • 调查费用：因追查挪用行为产生的合理费用（如审计费、律师费）可主张赔偿；
     
   • 违约金：若子公司内部规章制度或劳动合同中约定了挪用资金的违约金条款，可一并主张。
     
   • 建议：子公司应收集证据（如资金流水、挪用记录、内部审批文件等），通过民事诉讼或劳动仲裁主张权利。

3. 内部管理层面：完善制度与追责机制

   • 追责程序：子公司应依据《公司法》及内部章程，对行为人进行纪律处分（如警告、降职、解雇），并通报全体员工以儆效尤；
     
   • 制度完善：检查财务审批流程、资金监管机制是否存在漏洞，例如加强资金使用审批、定期审计、设置双人复核等，防止类似事件再次发生；
     
   • 培训与宣传：组织员工学习《刑法》《公司法》中关于职务侵占、挪用资金的规定，强化合规意识。
     

总结：子公司需同步推进刑事报案、民事索赔及内部整改，以最大限度维护权益并防范风险。若需进一步分析具体情节（如挪用数额、用途、是否涉及关联交易等），可提供详细信息后继续咨询。