结论：公司股权变更后，员工拒绝与新公司签合同，是否能申请赔偿取决于具体情况。以下从不同角度进行分析：
一、员工通常不能申请赔偿的情况
股权变更不影响劳动合同履行
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十三条，用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
- 实际情况：如果公司的股权变更后，经营管理、工作条件、员工待遇等方面均保持不变，员工的劳动合同继续正常履行，那么员工拒绝与新公司签合同，通常不能以此为由申请赔偿。因为股权变更本身并不构成劳动合同无法继续履行的理由。
员工自愿放弃相关权益
- 如果在股权变更过程中，公司与员工进行了协商沟通，并明确告知了可能产生的影响，同时给予员工选择是否继续留任及相应补偿的权利，而员工明确表示自愿放弃补偿并继续留任（但后续又拒绝签新合同），这种情况下员工后续一般也难以再主张赔偿。不过，若员工拒绝签新合同是基于公司存在其他违法行为或劳动合同无法继续履行的合理理由，则不受此限。
二、员工可能获得赔偿的情况
股权变更导致劳动合同无法继续履行
- 经营战略重大调整：新股东入主后对公司经营方向进行重大调整，导致原岗位被撤销或工作内容发生根本性变化，且双方无法就变更劳动合同内容达成一致。此时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第三款，用人单位可以解除劳动合同，并应支付经济补偿。若员工因此拒绝与新公司签合同，有权要求赔偿。
- 公司被合并、分立或清算：这些情况下，员工的劳动合同可能无法继续履行。根据相关法律法规，员工有权要求经济补偿。若员工拒绝与新公司（合并、分立后的公司或清算后的接收方）签合同，同样有权要求赔偿。
公司存在违法行为
- 未依法履行程序：如未提前通知员工、未与员工进行必要的协商沟通等，损害了员工的合法权益。若员工因此拒绝与新公司签合同，可以视为公司存在过错，员工有权要求赔偿。
- 降低员工待遇：股权变更后，公司擅自降低员工的工资、福利、社保等待遇。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，员工可以解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。若员工因此拒绝与新公司签合同，同样有权要求赔偿。
三、赔偿标准
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，经济补偿通常按照员工在本单位工作的年限来计算。每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 如果劳动者月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
四、建议
- 密切关注公司动态：面对公司股权变更，员工应密切关注公司后续动态和自身权益变化，包括经营管理、工作条件、员工待遇等方面的变化。
- 及时咨询法律专业人士：如果认为自己的权益受到侵害，应及时向我这样的法律专业人士咨询，以了解具体的法律权益和可能的赔偿途径。
- 保留相关证据：在股权变更过程中，员工应保留与劳动合同、工资待遇、工作条件等相关的证据，以便在需要时证明自己的权益受到侵害。
综上所述，公司股权变更后员工拒绝与新公司签合同是否能申请赔偿取决于具体情况。如果股权变更导致劳动合同无法继续履行或公司存在违法行为，员工有权要求赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。