针对您提出的“施工许可证只有咨询单位没有甲方单位怎么办”的问题，这确实是一个涉及建设工程领域的重要法律问题。首先，要明确的是，施工许可证是建设工程合法开工的重要凭证，其办理和持有都应符合相关法律法规的规定。

1. 施工许可证的办理主体与要求：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，施工许可证通常应由建设单位（即甲方单位）负责办理。这是因为建设单位是工程项目的发起者和责任主体，对工程的合法性和合规性负有直接责任。
   • 如果施工许可证上只有咨询单位而没有甲方单位，这可能意味着施工许可证的办理过程存在瑕疵或不符合规定。咨询单位通常只是提供专业建议或服务的机构，并不具备作为建设单位办理施工许可证的资格。

2. 可能的情况与应对措施：

   • 情况一：甲方单位未参与办理或未在施工许可证上体现：
     • 这可能是由于甲方单位对办理流程不熟悉、疏忽或故意隐瞒等原因造成的。在这种情况下，应尽快与甲方单位沟通，要求其按照法律法规的规定办理或补办施工许可证，并确保甲方单位的信息在施工许可证上得到体现。
   • 情况二：咨询单位冒用或误用甲方单位名义办理：
     • 如果咨询单位未经甲方单位同意或授权，擅自以甲方单位的名义办理施工许可证，这是违法行为。甲方单位应立即向相关部门报告，并要求咨询单位承担相应的法律责任。同时，甲方单位也应尽快按照正规流程办理或补办施工许可证。
   • 情况三：施工许可证办理过程中存在其他违规行为：
     • 例如，使用虚假材料、隐瞒重要信息等。在这种情况下，应立即停止相关工程的建设活动，并向相关部门报告。同时，应积极配合相关部门的调查和处理工作，确保工程的合法性和合规性。

3. 法律后果与风险提示：

   • 如果施工许可证的办理存在瑕疵或不符合规定，可能会导致工程无法合法开工、面临行政处罚、甚至引发法律纠纷等后果。因此，务必确保施工许可证的办理和持有都符合相关法律法规的规定。
   • 对于甲方单位而言，如果因其未履行相关义务而导致施工许可证问题，可能会承担相应的法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。

针对您的情况，我建议您：

• 首先与甲方单位进行沟通，了解施工许可证的办理情况，并要求其按照法律法规的规定办理或补办施工许可证。
• 如果甲方单位不配合或存在其他违规行为，您可以向相关部门报告，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，务必保留好相关证据和文件，以便在需要时提供证明。

如果您在处理此问题过程中遇到任何法律难题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。