三人签订的协议，如果符合法律规定的生效要件，被告上法庭时该协议仍然是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
协议有效的基本条件
- 主体适格：签订协议的三人必须具备相应的民事行为能力。例如，如果是成年人且精神正常，就具备完全民事行为能力，可以独立签订协议；如果是未成年人或者精神病人等限制民事行为能力人或无民事行为能力人，则需要由其法定代理人代为签订，或者经过法定代理人的同意、追认。
- 意思表示真实：协议必须是三人真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。比如，如果其中一人是在被另一人威胁的情况下签订的协议，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定为无效或可撤销。
- 内容合法：协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。例如，三人签订的协议如果涉及赌博、贩毒等违法活动，那么该协议肯定是无效的。
- 形式合法：如果法律对某种协议的形式有特别要求，那么必须按照法律规定的形式签订。比如，房屋买卖合同一般需要采用书面形式，如果三人签订的房屋买卖协议没有采用书面形式，且无法证明协议的存在和内容，那么该协议可能无法得到法律的认可。
协议被告上法庭时的效力认定
- 如果协议符合上述生效要件：即使被告上法庭，法院也会认定该协议是有效的，双方应当按照协议的约定履行各自的义务。如果一方不履行义务，另一方可以依据协议向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。
- 如果协议存在无效或可撤销的情形：
- 无效情形：如协议内容违法、主体不适格且无法补正等，法院会直接认定协议无效。协议无效后，因该协议取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 可撤销情形：如存在欺诈、胁迫、乘人之危、重大误解或显失公平等情形，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。协议被撤销后，其法律后果与无效协议相同。
实际案例中的考量因素
在实际案例中，法院在认定三人协议的效力时，还会综合考虑各种因素。比如，协议的签订过程是否公平、公正，是否存在一方利用优势地位强迫另一方签订协议的情况；协议的内容是否明确、具体，是否存在歧义或模糊不清的地方；协议是否已经实际履行，以及履行的程度如何等。
建议：如果你面临三人协议相关的纠纷，并且担心协议的效力问题，建议你收集好协议文本、签订协议时的相关证据（如聊天记录、录音录像等）以及协议履行过程中的相关证据（如转账记录、收货凭证等），以便在法庭上更好地维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。