结论：辞职时公司扣工衣是否合法，需分情况讨论。若工衣属于公司财产且员工离职时未归还，公司有权要求归还或按折旧价值扣款；但若工衣已作为劳动保护用品无偿提供给员工，或扣款金额明显不合理（如远超工衣实际价值），则公司扣款行为可能不合法。针对您提到的工衣价值一千元一套的情况，需进一步分析具体情形。
详细分析：
工衣性质与归属：
- 公司财产：若工衣是公司统一购置，作为工作服或制服，且员工在离职时有义务归还，那么公司有权要求员工归还或按折旧后的价值进行扣款。但扣款金额应合理，不得远超工衣的实际价值或使用损耗。
- 劳动保护用品：若工衣被视为劳动保护用品，且公司已明确表示无偿提供给员工使用，那么员工离职时，公司通常无权要求扣款。因为此时工衣已视为员工劳动过程中的必要装备，其所有权可能已转移给员工（或至少公司无权要求返还或扣款）。
扣款金额的合理性：
- 即使公司有权要求扣款，扣款金额也必须合理。对于您提到的工衣价值一千元一套，如果工衣确实属于公司财产且员工未归还，公司扣款时应考虑工衣的使用年限、磨损程度等因素，确定一个合理的折旧价值。如果扣款金额远超这个合理范围，可能构成对员工权益的侵害。
公司规章制度与劳动合同：
- 公司是否有权扣款还取决于其规章制度和劳动合同中的相关条款。如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了工衣的处理方式和扣款标准，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照这些规定执行。但同样，扣款金额必须合理，且不得侵犯员工的合法权益。
法律后果与维权途径：
- 如果公司扣款行为不合法，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被扣款项或赔偿损失。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如工衣购买发票、公司规章制度、劳动合同等，以便证明自己的权益受到侵害。
建议：
- 与公司沟通：首先，建议您与公司进行沟通，了解公司扣款的具体依据和金额计算方式。如果公司能够提供合理的解释和证据，且扣款金额在合理范围内，您可以考虑接受。
- 保留证据：如果公司无法提供合理的解释或扣款金额明显不合理，您应保留好相关证据，如工衣、购买发票、公司规章制度、劳动合同等，以便在后续维权过程中使用。
- 寻求法律帮助：如果您对公司的扣款行为有异议，且无法通过沟通解决，建议您及时咨询专业律师（即我本人，张伟国律师，专注于劳动纠纷等领域），了解自己的权益和维权途径。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。