结论前置：员工入职时声称未怀孕但实际上已怀孕，用人单位一般不能以此为由直接辞退员工。

详细分析：

1. 从劳动法的保护原则出发：

   • 劳动法明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得依据《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这是为了保护女职工的特殊权益，确保她们在孕育生命的过程中不会因工作问题而受到不公平对待。
   • 员工入职时是否怀孕，属于其个人隐私范畴。员工有权选择是否透露这一信息，用人单位无权强制要求员工披露。因此，即使员工在入职时未如实告知怀孕情况，这并不构成用人单位可以解除劳动合同的合法理由。

2. 从用人单位的辞退权限出发：

   • 用人单位辞退员工必须基于合法的理由，如员工严重违反公司规章制度、不能胜任工作且经过培训或调岗后仍不能胜任、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等。
   • 员工入职时怀孕并不属于上述任何一种可以辞退的合法情形。因此，用人单位不能仅凭员工入职时怀孕这一事实就辞退员工。

3. 从实际案例和司法实践出发：

   • 在司法实践中，法院通常会倾向于保护女职工的权益，认为怀孕是女职工的自然生理现象，不应成为被辞退的理由。
   • 如果用人单位以员工入职时怀孕为由辞退员工，员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求用人单位承担违法解除劳动合同的法律责任，包括支付赔偿金等。

法律建议：

• 对于用人单位：应尊重和保护女职工的特殊权益，避免以怀孕为由辞退员工。如果确实需要调整员工的工作岗位或工作内容，应与员工进行充分沟通，并遵循相关法律法规的规定。
• 对于员工：如果遭遇用人单位以怀孕为由辞退的情况，应保留好相关证据（如劳动合同、辞退通知、工资单等），并及时向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 如果用人单位违法解除劳动合同，可能需要支付赔偿金给员工。赔偿金的计算通常根据员工在公司的工龄、工资水平等因素来确定。
• 此外，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。

总结：员工入职时声称未怀孕但实际上已怀孕，并不构成用人单位可以解除劳动合同的合法理由。用人单位应尊重和保护女职工的特殊权益，避免因此引发法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。