公司做两套工资表是否违法，需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
合理的薪酬结构设计：
- 公司可能出于薪酬管理的需要，将工资分为不同的部分，如岗位工资、绩效工资、奖金、补贴等。这种结构旨在激励员工，提高工作效率，只要各部分工资的发放符合劳动合同约定，且总额不低于当地最低工资标准，就是合法的。例如，公司可以将基本工资固定，而将一部分工资与员工的业绩挂钩，作为绩效工资发放，这种做法既合理又合法。
遵守税收和社保规定：
- 如果公司做两套工资表是为了合理避税（在税法允许的范围内），或者为了更清晰地展示工资构成，以便于社保缴纳等，且操作符合相关法律法规，那么这种做法也是合法的。但需要注意的是，合理避税并不等同于逃税，公司必须确保所有工资收入都依法申报个税，并按时足额缴纳社保费用。
违法的情况
逃避纳税义务：
- 如果公司做两套工资表的主要目的是为了逃避个税或其他税费，如通过现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，那么这种做法就是违法的。逃税行为不仅损害了国家的税收利益，也破坏了公平竞争的市场环境。
低于最低工资标准：
- 即使公司名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但如果实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，那么这种做法也是违法的。最低工资标准是保障劳动者基本生活需要的底线，公司必须严格遵守。
掩盖加班工资等问题：
- 公司如果压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或者混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，那么这种做法也违反了劳动法规定。加班工资是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动所应得的报酬，公司必须依法支付。
法律建议
- 审查劳动合同：首先，劳动者应仔细审查自己的劳动合同，了解工资构成和支付方式是否符合约定。
- 关注工资总额：劳动者应关注自己的工资总额是否不低于当地最低工资标准，并确保所有工资收入都依法申报个税。
- 保留证据：如果劳动者怀疑公司做两套工资表存在违法行为，应保留好相关证据，如工资条、银行流水等，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 及时咨询：如果劳动者对公司工资支付方式有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，公司做两套工资表并非必然违法，关键在于是否符合相关法律法规和劳动合同约定，以及是否保障了员工的合法权益。如果劳动者对此有疑问或担忧，建议及时咨询以获取具体法律意见。