合同中可以同时设置履约保函和预付款保函，二者在功能、适用阶段和法律性质上存在明显差异，互不冲突且可并行存在。以下从法律原理、实务操作和风险控制三个角度展开说明：

一、法律原理：保函类型独立，功能互补

1. 履约保函的核心功能是担保合同履行，若承包方（或供货方）违约，发包方（或采购方）可凭保函向银行主张权利，要求赔付违约金或实际损失。其担保范围覆盖整个合同履行期，例如工程进度延误、质量不达标等情形。
   
2. 预付款保函则专门针对合同预付款，若承包方未按约定使用预付款（如挪作他用）或未启动项目，发包方可凭保函要求返还预付款。其担保期限通常与预付款支付至抵扣完毕的阶段对应。
   

法律依据：根据《民法典》第788条（建设工程合同章）及第685条（保证合同章），保函属于独立保函或从属性保证的范畴，法律未禁止同一合同下设置多种保函。实务中，国际工程合同（如FIDIC条款）常明确要求同时提供履约保函和预付款保函。

二、实务操作：需明确保函条款的独立性

1. 保函独立性原则：两种保函应明确约定“独立于基础合同”，即银行仅根据保函条款和单据（如违约声明、预付款支付凭证）决定是否赔付，不受基础合同纠纷影响。例如，若履约保函中未排除“基础合同争议抗辩权”，发包方可能以质量争议为由拒绝兑付，导致保函失效。
   
2. 金额与期限匹配：
   
   • 预付款保函金额通常与预付款比例一致（如合同总价10%），且随工程进度逐步递减；
     
   • 履约保函金额一般为合同总价5%-10%，覆盖整个履行期。
     若金额或期限设置不当（如预付款保函期限覆盖履约期），可能引发银行拒付风险。

三、风险控制：需协调保函与合同条款

1. 避免重复担保：若合同已约定违约金条款，履约保函金额应扣除已覆盖的违约金部分，防止发包方双重获赔。例如，合同约定违约方需支付合同价10%的违约金，则履约保函金额可设为5%，剩余5%通过违约金条款约束。
   
2. 保函兑付条件细化：
   
   • 履约保函可约定“仅在发包方发出书面违约通知且承包方未在30日内纠正时兑付”；
     
   • 预付款保函可要求“承包方提交等额预付款使用凭证（如材料采购发票）后，保函金额相应递减”。
     若条件模糊（如仅写“违约即兑付”），可能引发银行过度赔付或拒付争议。

实务建议

若您拟在合同中同时设置两种保函，建议：

1. 明确保函类型（独立保函或从属性保证）及兑付条件；
   
2. 协调保函金额与合同条款（如违约金、质保金）的衔接；
   
3. 要求银行出具“见索即付”保函时，附加“基础合同争议不影响兑付”的条款。
   

如有具体合同文本或保函条款需要审核，可直接向我提供细节，我将进一步分析风险点。