用未取得工程规划许可证的标的房屋签订的合作经营协议，其效力需分情况讨论：

1. 协议可能无效的情况：

   • 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。工程规划许可证是房屋合法建设的重要凭证，未取得该许可证的房屋，其建设行为本身可能违反了城乡规划法等相关法律法规的强制性规定。
   • 分析：如果合作经营协议的内容直接涉及到该未取得工程规划许可证的房屋的使用、收益或处分等，且该房屋的建设行为因未取得许可证而被认定为违法，那么该协议可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。

2. 协议可能有效的情况：

   • 特殊情形：并非所有未取得工程规划许可证的房屋签订的合作经营协议都必然无效。如果协议内容并不直接依赖于房屋的合法性，或者双方在协议中明确约定了房屋合法性的风险承担，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么协议可能仍然有效。
   • 分析：例如，如果合作经营协议主要是关于双方共同投资、共享收益等商业安排，而房屋的使用只是作为合作经营的一个场所，且双方在协议中明确约定了如果房屋因未取得许可证而面临法律风险时，由哪一方承担或如何分担该风险，那么该协议在双方之间仍然可能具有法律效力。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果协议被认定为无效，那么双方基于该协议所取得的财产应当予以返还，不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
   • 建议：在签订合作经营协议前，务必对标的房屋的合法性进行充分调查，确保房屋已经取得了所有必要的许可证和批准文件。如果房屋存在合法性风险，应当在协议中明确约定风险承担方式，以避免未来可能出现的法律纠纷。

总结来说，用未取得工程规划许可证的标的房屋签订的合作经营协议的效力并非绝对无效或有效，而是需要根据具体情况进行判断。如果你面临此类问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律分析和建议。