关于占用一般耕地的处理部门，这确实是一个涉及多个法律条款和多个管理部门的问题。具体由哪个部门处理，主要取决于占地的性质、用途以及是否存在违规情形。

首先，我们要明确的是，自然资源主管部门在土地管理中起着主导作用。根据《中华人民共和国土地管理法》，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作，县级以上地方人民政府自然资源主管部门则根据省、自治区、直辖市人民政府的规定确定其具体职责。对于未经批准擅自占用一般耕地，或者超过批准数量占用一般耕地的行为，自然资源主管部门有权进行查处，包括责令退还土地、限期拆除或没收在违法占用土地上新建的建筑物和其他设施，以及处以罚款等。

其次，农业农村主管部门也承担着一定的土地管理职责。特别是针对农村宅基地的改革和管理，以及农村村民非法占地建住宅的情况，农业农村主管部门会进行相应的监管和处理。如果农村村民未经批准或骗取批准非法占用一般耕地建住宅，农业农村主管部门将责令退还土地，并限期拆除新建房屋。

此外，虽然城市管理综合执法部门主要在城市规划区内行使土地管理领域的部分执法权，但在某些特定情况下，如果占用一般耕地的行为与城市规划或城乡规划相关，城市管理综合执法部门也可能参与处理。

综合建议：

1. 在使用一般耕地前，务必充分了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保合法合规使用土地。
2. 如果涉及占用一般耕地的活动，建议事先咨询当地自然资源主管部门或农业农村主管部门，以明确具体的监管部门和程序。
3. 对于任何涉及耕地的活动，都应保持谨慎态度，避免违法违规行为的发生。如果确实需要占用一般耕地，应按照法定程序进行申请和审批。
4. 如果面临土地纠纷或违法行为，建议及时寻求专业法律帮助，以便更有效地维护自身权益并遵守法律规定。

总之，占用一般耕地的处理部门并非单一，而是根据具体情况由多个部门共同监管。因此，在处理相关问题时，需要综合考虑多个因素，并咨询专业机构或律师以获取准确和全面的信息。