合同中注明的“接到有关部门通知后缴纳契税”里的“有关部门”，通常指的是负责契税征收管理的税务机关。以下是对此问题的详细分析：

1. 税务机关的职责：

   • 契税是由税务机关负责征收的税种之一。根据相关法律法规，税务机关有权对契税的征收进行管理，包括发出纳税通知、审核纳税申报、征收税款等。
   • 因此，在合同中提及的“有关部门通知”，最有可能指的就是税务机关发出的关于缴纳契税的通知。

2. 合同条款的解读：

   • 合同中的条款应当明确、具体，以避免产生歧义。当合同中提到“接到有关部门通知后缴纳契税”时，结合契税的征收管理规定，可以合理推断这里的“有关部门”指的是税务机关。
   • 如果合同双方对“有关部门”的具体指向存在争议，且合同中没有进一步明确或解释，那么根据契税的征收管理规定和合同解释的一般原则，应当倾向于理解为税务机关。

3. 实际操作中的建议：

   • 在签订合同时，如果涉及契税的缴纳，建议明确约定“接到税务机关通知后缴纳契税”，以避免后续产生争议。
   • 如果合同已经签订，且对“有关部门”的具体指向存在疑问，建议及时与合同对方沟通，并咨询当地税务机关或专业律师的意见，以确保合同的顺利履行和自身权益的保障。

4. 法律后果的考量：

   • 如果因对“有关部门”的理解产生争议而导致契税未按时缴纳，可能会面临税务机关的处罚，包括滞纳金、罚款等。
   • 因此，在合同履行过程中，应当密切关注税务机关的通知，并按时缴纳契税，以避免不必要的法律风险。

综上所述，合同中注明的“接到有关部门通知后缴纳契税”里的“有关部门”，通常指的是负责契税征收管理的税务机关。在签订和履行合同时，应当明确这一点，并密切关注税务机关的通知，以确保合同的顺利履行和自身权益的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。