结论：企业飞行检查后，政府采取用人看管不许货物进出的措施，其合法性需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 飞行检查的法律依据与目的：

   • 飞行检查，通常指政府监管部门在不预先告知企业的情况下，对企业进行的突击检查。这种检查方式旨在确保企业遵守相关法律法规，防止企业因提前准备而掩盖违规行为。
   • 飞行检查的法律依据主要来源于相关行业的监管法规，如食品安全法、药品管理法等，这些法规通常赋予监管部门在必要时采取强制措施的权力。

2. 政府采取看管措施的合法性条件：

   • 法定权限：政府监管部门在飞行检查中，若发现企业存在严重违法违规行为，且该行为可能对社会公共利益造成重大损害时，有权依据相关法律法规采取必要的强制措施，包括看管企业、限制货物进出等。
   • 程序合规：政府采取看管措施时，必须遵循法定程序，如出示执法证件、说明执法依据、告知企业权利等。若程序不合规，则该措施可能被视为违法。
   • 比例原则：政府采取的措施应当与企业的违法违规行为相适应，不得过度限制企业的合法权益。例如，若企业仅存在轻微违规行为，则政府不应采取过于严厉的看管措施。

3. 企业应对措施与法律救济：

   • 配合检查：企业应积极配合政府的飞行检查，如实提供相关资料和信息，不得隐瞒或谎报。
   • 提出异议：若企业对政府的看管措施有异议，可以当场提出，并要求政府说明执法依据和理由。
   • 法律救济：若企业认为政府的看管措施违法或不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。

4. 可能涉及的法律后果：

   • 若政府措施合法：企业需遵守政府的看管措施，否则可能面临更严厉的处罚，如罚款、吊销许可证等。
   • 若政府措施违法：企业有权要求政府撤销或改正违法措施，并可能获得相应的赔偿。同时，政府相关责任人员也可能因违法执法而承担法律责任。

建议：企业在面对政府飞行检查及后续看管措施时，应首先保持冷静，积极配合检查，并仔细审查政府措施的合法性和合规性。若对政府措施有异议或认为自身权益受到侵害，应及时寻求法律帮助，通过合法途径维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。