起诉邻居违章建筑确实存在时效问题，但具体时效需根据诉求类型（行政诉讼或民事诉讼）及案件性质来确定。以下从行政诉讼和民事诉讼两个维度为您详细分析：

一、行政诉讼时效（针对行政处罚或强制拆除）

1. 基本规定
   根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，若您对行政机关作出的违章建筑处罚决定（如限期拆除决定）不服，需在知道或应当知道该行政行为之日起六个月内提起行政诉讼。若经过行政复议再提起诉讼，期限为十五日（自收到复议决定书之日或复议期满之日起）。

2. 最长保护期限
   因不动产提起的行政诉讼案件，自行政行为作出之日起超过二十年的，法院将不予受理（特殊情况除外）。这一规定旨在平衡行政效率与权利保护，避免行政行为长期处于不确定状态。

3. 特殊情形

   • 若行政机关未告知起诉期限，起诉期限从您实际知道或应当知道之日起计算，但最长不超过一年（《最高人民法院关于适用〈行政诉讼法〉的解释》第六十四条）。
     
   • 若您因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他不属于自身的原因耽误起诉期限，被耽误的时间不计算在起诉期限内（《行政诉讼法》第四十八条）。

二、民事诉讼时效（针对相邻权纠纷或侵权赔偿）

1. 普通诉讼时效
   若邻居的违章建筑导致您的相邻权受损（如采光遮挡、通风受阻等），您可依据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，在知道或应当知道权利受损及义务人之日起三年内提起民事诉讼，请求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。

2. 最长保护期限
   自权利受损之日起超过二十年的，法院将不予保护；有特殊情况的，您可申请延长保护期限。

3. 特殊规则

   • 请求停止侵害、排除妨碍等物权保护请求不适用诉讼时效（《民法典》第一百九十六条第一项）。这意味着，即使超过三年诉讼时效，您仍有权要求邻居停止侵害（如拆除违章建筑）。
     
   • 诉讼时效可因法定事由中断或中止（如您向邻居主张权利、邻居同意履行义务等），中断后诉讼时效重新计算，中止后恢复计算。

三、关键注意事项

1. 区分诉求类型

   • 若您对行政处罚不服（如限期拆除决定），需适用行政诉讼时效，及时向法院提起诉讼。
     
   • 若您因违章建筑导致相邻权受损（如采光遮挡），则适用民事诉讼时效，可要求邻居停止侵害或赔偿损失。

2. 及时行使权利

   • 行政诉讼需在法定期限内起诉，逾期可能丧失救济途径。
     
   • 民事侵权需关注三年诉讼时效，避免超期失权；但停止侵害请求不受时效限制，可随时主张。

3. 证据收集与程序衔接

   • 行政诉讼中需证明“知道或应当知道”行政行为的时间节点（如收到处罚决定书的时间）。
     
   • 民事诉讼需提供侵权行为持续存在的证据（如违章建筑存续状态的照片、视频等）。

建议：若您发现邻居存在违章建筑行为，首先确认该行为是否已受到行政处罚（如收到限期拆除决定书）。若已处罚且您不服，需在六个月内提起行政诉讼；若未处罚或您因违章建筑导致相邻权受损，可依据民事诉讼时效要求邻居停止侵害或赔偿损失。如有进一步疑问或需具体法律帮助，可直接向我咨询。