仲裁协议在一般情况下不能违背专属管辖，但在满足特定条件时，有效的仲裁协议可以优先于专属管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁协议与专属管辖的基本原则
仲裁协议：是双方当事人自愿达成的，将争议提交仲裁机构裁决的书面约定。它体现了当事人的意思自治原则，即当事人有权自主决定以何种方式解决他们之间的纠纷。
专属管辖：是法律强制规定的，某类案件只能由特定法院管辖的制度。它具有极强的排他性、优先性与强制性，通常涉及国家公共利益或重大社会利益。
二、仲裁协议不能违背专属管辖的一般原则
专属管辖作为法律强制规定，其目的在于维护国家的司法主权、社会公共利益以及法律适用的确定性和统一性。因此，对于专属管辖范围内的案件，即使当事人达成了仲裁协议，该协议中涉及专属管辖事项的部分也可能会被认定无效。例如，在中国，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖，此类纠纷的仲裁约定通常无法改变专属管辖的规定。
三、仲裁协议可以优先于专属管辖的特殊情形
尽管专属管辖具有极强的排他性，但在某些特殊情况下，一个合法有效的仲裁协议仍然有可能优先于专属管辖。这主要基于以下几点考虑：
法律依据：根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定，当事人达成仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，除非仲裁协议无效。这一规定体现了“或裁或审”的基本原则，即当事人选择仲裁方式解决纠纷后，就排除了法院的管辖权，包括专属管辖。
不得违反法律强制性规定：虽然仲裁协议可以优先于专属管辖，但这一优先必须是明确的、有效的，且不能违反法律的强制性规定。如果涉及国家利益、公共秩序等重大问题，或者仲裁协议的排除违反了法律的明确规定，那么法院可能会保留对案件的管辖权。
仲裁协议的有效性：如果仲裁协议被认定无效、失效或者内容不明确无法执行，那么就不能再依据仲裁协议进行仲裁。此时，如果纠纷属于法院专属管辖的范围，则应按照专属管辖的规定，由相应的法院来受理案件。
四、司法实践中的综合判断
在司法实践中，对于仲裁协议能否优先于专属管辖的认定，法院会综合考虑各种因素，包括但不限于纠纷的性质、法律规定、当事人的意思表示以及仲裁协议的具体内容等。法院会根据具体案件的情况，结合相关法律规定进行综合判断，以确定仲裁协议是否能够优先于专属管辖。
五、建议与注意事项
签订仲裁协议前：当事人在签订仲裁协议前，应充分了解相关法律法规和仲裁规则，确保协议的合法性和有效性。特别是要明确仲裁协议的范围和效力，避免与专属管辖产生冲突。
发生纠纷时：在发生纠纷时，当事人应及时咨询专业律师（即我），以获取更准确的法律意见和帮助。律师会根据具体情况，为当事人提供合适的解决方案和建议。
注意仲裁协议的无效情形：当事人应特别注意仲裁协议可能存在的无效情形，如仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、仲裁协议对仲裁委员会没有约定且达不成补充协议等。这些情形可能导致仲裁协议无效，从而无法排除法院的管辖权。
综上所述，仲裁协议与法院专属管辖的关系并非绝对对立，而是存在一定的灵活性和复杂性。在具体案件中，需要根据相关法律规定、仲裁协议的具体内容以及实际情况进行综合判断。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。