针对您提出的“甲方未按时支付工程款，怎么算违约金”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，违约金的计算方式应优先依据双方在建设工程合同中的明确约定。合同是双方意思自治的体现，因此，如果合同中已经明确规定了违约金的计算方式，那么双方应当严格按照合同约定来执行。
一、合同有约定的情况
固定金额违约金：
- 如果合同中直接规定了固定的违约金数额，比如“若甲方未按时支付工程款，需向乙方支付5万元违约金”，那么乙方在甲方违约时，可以直接依据合同主张该固定金额的违约金。
计算比例违约金：
- 如果合同中约定按照逾期支付工程款金额的一定比例来计算违约金，比如“每日按照逾期金额的0.5%支付违约金”，那么违约金的计算将基于逾期金额和逾期天数。例如，若工程总额为1000万元，逾期30天，则违约金为150万元（1000万 × 0.5% × 30）。
二、合同没有约定的情况
当合同中没有明确约定违约金的计算方式时，我们可以参照相关法律法规的规定或根据实际情况由法院或仲裁机构进行裁决。
参照贷款利率计算利息损失：
- 在没有合同约定的情况下，可以参照同期同类贷款利率或者贷款市场报价利率来计算利息损失作为违约金。例如，按照中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（如3.85%）计息。若甲方欠付工程款100万元，逾期1年，则违约金（利息损失）大致为3.85万元（100万 × 3.85%）。
以实际损失为基础进行赔偿：
- 如果乙方因甲方的逾期支付行为遭受了其他实际损失，如为了支付工人工资、材料款等而额外产生的融资成本，乙方可以提供相关证据证明这些实际损失的存在和具体金额，并要求甲方予以赔偿。
三、违约金的调整
无论是按照合同约定还是法定方式计算的违约金，如果存在过高或过低的情况，当事人都可以请求法院或仲裁机构予以适当调整。调整违约金时，一般会综合考虑以下因素：
- 合同履行情况：包括合同的签订、履行过程及双方的履约意愿等。
- 当事人的过错程度：考虑违约方的主观恶意及守约方的受损程度。
- 预期利益：考虑守约方因合同履行可获得的预期收益。
例如，如果合同约定的违约金明显超出了乙方的实际损失，甲方可以向法院请求适当减少违约金数额；反之，如果约定的违约金不足以弥补乙方的实际损失，乙方也可请求法院予以增加。
综上所述，甲方未按时支付工程款的违约金计算方式需根据合同中的约定或相关法律法规的规定来确定，并可根据实际情况进行适当调整。在处理此类纠纷时，建议您充分收集证据，并咨询专业律师以维护自身合法权益。