在农耕地上建厂原则上是不合法的，但在满足特定条件和遵循法定程序的前提下，这一行为可以合法化。以下是对这一问题的详细分析：
一、农耕地建厂的非法性基础
农耕地，作为农用地的一种，其主要用途是农业生产。根据《土地管理法》等相关法律法规，国家实行严格的土地用途管制制度，明确将土地分为农用地、建设用地和未利用地，并规定农用地转为建设用地需严格控制，并符合土地利用总体规划和年度计划。因此，未经依法批准，擅自将农用地转为建设用地来建厂，即改变了土地的农业用途，这是违法的。此类行为可能破坏耕地的种植条件，违反相关法规，并可能面临被拆除、罚款等处罚。
二、农耕地建厂合法化的条件与程序
尽管农耕地建厂原则上非法，但在满足特定条件和遵循法定程序的前提下，这一行为可以合法化。具体来说，需要满足以下条件并遵循相应程序：
查询土地利用总体规划：
- 首先，需向当地自然资源主管部门查询该耕地是否已被规划为允许建设的用地范围。若已规划为建设用地，则后续手续相对简化；若未规划，则需考虑申请规划调整。
申请规划调整（如必要）：
- 若耕地不在规划范围内，可向当地自然资源主管部门提出土地利用总体规划调整申请。申请时需充分说明建设厂房的必要性、可行性等，并经过相关部门的论证和审批。规划调整程序复杂，且需符合国家产业政策、不影响土地总体布局等严格要求。
农用地转用审批：
- 农用地转用审批是农耕地建厂合法化的关键步骤。审批权限根据土地类型和面积大小划分，永久基本农田转为建设用地的需由国务院批准，其他农用地转为建设用地的则根据具体情况由省、自治区、直辖市人民政府或市、县人民政府批准。
- 申请流程包括由市、县人民政府自然资源主管部门拟订农用地转用方案、补充耕地方案等，经同级人民政府审核同意后，逐级上报至有批准权的人民政府进行审批。
补充耕地与费用缴纳：
- 根据“占多少，垦多少”的原则，建设单位需开垦与所占用耕地数量和质量相当的耕地。若无法开垦或开垦不符合要求，则需按省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款专用以开垦新耕地。
获得建设用地批准书与相关证件：
- 农用地转用经批准后，市、县人民政府会向建设单位颁发建设用地批准书，确认其使用土地的合法性。同时，还需办理建设工程规划许可证、施工许可证等相关证件，确保建设活动的合法性和合规性。
其他必要手续与要求：
- 厂房建设和生产可能对环境造成影响，因此需按照环保部门的要求进行环境影响评价，并根据评价结果采取相应的环保措施，获得环保部门的审批。
- 厂房建设需符合消防安全要求，需向消防部门提交消防设计文件进行审核或备案，工程竣工后还需通过消防验收。
三、综合建议
在农耕地上建厂是一个复杂且严格受法律监管的过程，涉及多个环节和部门。为确保项目的合法性和可持续性，我建议：
- 在开始前就咨询专业律师（即我本人），以获取准确的法律意见和指导。
- 严格按照法定程序和要求进行操作，包括查询规划、申请规划调整、办理农用地转用审批、补充耕地、获得建设用地批准书与相关证件等。
- 在建设过程中及建成后，严格遵守相关法律法规和规划要求，确保项目的顺利进行和持续合规。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。