被扣押的真品卷烟，一般会由司法机关依法进行拍卖或变卖，所得款项上缴国库。具体处理方式及依据如下：

1. 扣押卷烟的性质与处理原则

   • 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
   • 在无证经营烟草制品的案件中，被扣押的真品卷烟属于违法经营的物品，虽然其本身具有价值，但由于其来源的非法性，不能直接返还给当事人或流入市场。

2. 具体处理方式

   • 拍卖或变卖：司法机关通常会委托具有相应资质的拍卖机构对扣押的真品卷烟进行拍卖，或者通过其他合法方式进行变卖。这一过程中，会确保拍卖或变卖的公开、公平、公正，以最大化地实现卷烟的价值。
   • 款项上缴国库：拍卖或变卖所得款项，会依法上缴国库，作为国家财政收入的一部分。

3. 特殊情况的处理

   • 如果扣押的卷烟存在质量问题或不符合相关标准，司法机关可能会根据具体情况决定予以销毁或其他处理方式，以防止其再次流入市场造成危害。
   • 在处理过程中，司法机关会严格遵守相关法律法规和程序规定，确保处理的合法性和正当性。

4. 当事人的权利与义务

   • 作为当事人，虽然对被扣押的卷烟没有所有权和处置权，但有权了解处理过程和结果，并在必要时提出异议或申诉。
   • 当事人应积极配合司法机关的工作，提供必要的协助和信息，以促进案件的顺利处理。